工程施工合作协议书在符合法定条件时具有法律效力。以下是对此问题的详细分析：
一、工程施工合作协议书有效的条件
主体适格：
- 签订工程施工合作协议书的各方，包括施工方和发包方，必须具备相应的民事行为能力。具体来说，施工方需持有相应的建筑施工资质，这是其民事行为能力的重要体现。若缺乏必要资质，协议可能因主体不适格而被认定无效。例如，无资质的个人或企业签订大型建筑工程合同，将因主体资质问题导致协议无效。
意思表示真实：
- 协议的签订必须是基于双方的真实意愿，不存在欺诈、胁迫等违背真实意思的情形。例如，若发包方以欺诈手段隐瞒工程隐患，导致施工方在误解下签约，该协议可能被认定为可撤销。
内容合法合规：
- 协议内容必须合法合规，不得违反国家法律法规的强制性规定，也不得违背社会公共利益和道德风尚。具体包括工程范围、质量、期限、价款支付等方面的约定都必须符合相关法律法规的要求。例如，施工活动必须符合环境保护和安全生产的要求。
形式符合要求：
- 工程施工合作协议书通常应采用书面形式，并明确双方的权利和义务。此外，根据法律法规或行业惯例，可能还需要满足特定的签字盖章等形式要件。
不违反法定程序：
- 对于依法必须招标的工程项目，必须经过合法的招标程序，否则在此基础上签订的工程施工合作协议书将无效。
二、工程施工合作协议书无效的情况
一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益：
- 如施工方通过不正当手段获得工程项目承包权并签订协议，且此行为损害了国家利益，则该协议无效。
恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益：
- 发包方与施工方相互勾结，故意抬高工程造价以谋取私利，损害国家或集体利益，此类协议同样无效。
以合法形式掩盖非法目的：
- 双方签订的工程施工合作协议书表面上看似正常，实则为了洗钱、逃避债务等非法目的，这种协议也是无效的。
个人不具备相应资质或工程属于必须招投标而未招投标：
- 在大多数建筑工程领域，施工企业需具备相应的资质等级。若个人无资质或以超越资质等级的方式签订工程承包协议，该协议将被认定为无效。同时，对于依法必须进行招标的工程项目，若未经招投标程序而直接由个人签订承包协议，该协议同样无效。
三、法律后果与建议
- 法律后果：若工程施工合作协议书无效，双方应返还因该合同取得的财产；不能返还或无需返还的，应折价补偿。有过错方需赔偿对方损失；双方均有过错的，各自承担责任。
- 建议：在签订工程施工合作协议书前，务必核实承包方的资质条件，确保符合法律法规要求。同时，对于依法必须招标的工程项目，应严格按照法定程序进行招标。如遇纠纷，建议寻求专业法律意见，通过协商、调解或诉讼等途径解决。
综上所述，工程施工合作协议书在符合法定条件时具有法律效力，对维护双方合法权益具有重要意义。在签订和履行过程中，双方应秉持诚信原则，遵守法律法规，以确保协议的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。