民营企业负责人有违纪违法行为的，一般由监察机关或公安机关等有权机关根据具体违纪违法性质进行查办。以下从不同角度进行详细分析：

一、违纪行为查办机关

如果民营企业负责人的行为主要涉及违反党纪或企业内部纪律规定，那么通常由企业的上级党组织、纪检监察机构或者企业内部设立的纪律检查委员会等负责查办。这些机构会依据党纪党规或企业内部规章制度，对违纪行为进行调查处理，并可能给予相应的纪律处分。

二、违法行为查办机关

1. 监察机关：

   • 如果民营企业负责人涉嫌职务违法，如贪污受贿、滥用职权等，且这些行为与公职人员职务相关（尽管民营企业负责人本身不是公职人员，但在某些特定情况下，如担任特定职务或涉及特定项目时，可能被视为具有公职性质），那么监察机关有权进行调查。不过，通常情况下，民营企业负责人并不直接受监察机关管辖，除非其同时担任有公职身份或涉及特定公职相关行为。但更常见的是，当民营企业负责人与公职人员存在勾结、共同违法时，监察机关会介入调查公职人员的部分，并可能涉及对民营企业负责人的调查。
   • 实际上，对于纯粹的民营企业负责人违法行为（非职务违法且不涉及公职人员勾结），监察机关一般不直接查办，但会与其他执法机关协作，提供必要的支持和协助。不过，从广义上讲，若民营企业负责人通过不正当手段获取了类似公职的权力或利益，并滥用这些权力或利益进行违法活动，监察机关在特定情境下也可能根据相关法律法规和政策进行调查。但这种情况较为特殊，且通常需要明确的法律依据和政策支持。
   • 更常见且直接的情况是：当民营企业负责人涉嫌行贿等违法行为，试图影响公职人员决策时，监察机关会作为反腐败斗争的一部分，对这类行为进行调查。此时，虽然主要调查对象是公职人员，但民营企业负责人作为行贿方也会受到调查。

2. 公安机关：

   • 如果民营企业负责人的行为涉嫌犯罪，如诈骗、盗窃、故意伤害等，那么公安机关将负责立案侦查。公安机关会根据犯罪的性质和情节，依法对犯罪嫌疑人进行刑事拘留、逮捕、侦查等，并最终将案件移送检察机关审查起诉。

3. 其他专门机关：

   • 对于某些特定类型的违法行为，如涉及市场监管、税务、环保等领域的违法行为，可能由相应的专门机关（如市场监管部门、税务机关、环保部门等）负责查办。这些机关会根据各自的职责和权限，对违法行为进行调查处理，并可能给予行政处罚或移送司法机关处理。

三、综合查办情况

在实际操作中，民营企业负责人的违纪违法行为可能同时涉及多个领域和多个机关。例如，一个民营企业负责人可能既涉嫌职务侵占（属于公安机关管辖的刑事犯罪），又涉嫌违反企业内部纪律规定（属于企业内部纪律检查机构管辖）。在这种情况下，各个机关会根据各自的职责和权限，分工协作，共同查办案件。

建议：如果发现民营企业负责人有违纪违法行为，建议根据具体情况向相应的机关进行举报或报案。同时，也可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和指导。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。