针对您提出的“儿子入伍后父亲才发生醉驾拘役两年怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，子女服兵役期间，父母酒驾的处理方式主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法律规定，并不会因为子女正在服兵役而有所特殊对待。对于您提到的父亲醉驾拘役两年的情况，这已经涉及到了刑事处罚，具体来说，是构成了危险驾驶罪。
一、醉驾的法律后果
根据《中华人民共和国刑法》第一百三十三条之一，醉酒驾驶机动车将处拘役，并处罚金。同时，由公安机关交通管理部门约束至酒醒，吊销机动车驾驶证，且五年内不得重新取得。若醉酒驾驶导致重大交通事故并构成犯罪，还将面临更严厉的刑罚，如终生不得重新取得机动车驾驶证。
二、对父亲醉驾行为的处理建议
积极配合执法：在醉驾被查处后，应积极配合交警的执法工作，如实陈述事实，接受相应的处罚。
深刻反思与法律教育：醉驾是严重的违法行为，不仅危及自身安全，也危及他人生命财产安全。因此，应深刻认识醉驾的严重性和危害性，加强自身的法律意识，避免再次犯错。
遵守处罚决定：既然已经受到了拘役两年的刑事处罚，那么应严格遵守处罚决定，认真服刑，争取早日回归社会。
三、父亲醉驾对儿子服兵役的影响
虽然父亲醉驾本身不会直接影响儿子在部队的服务，但醉驾行为已经涉及刑事犯罪，这可能会对儿子的政审环节产生影响。政审通常会审查直系亲属的犯罪记录，如果父亲有醉驾等刑事犯罪记录，可能会影响到儿子的政审结果，进而影响其在部队的服役情况或未来职业发展。
四、应对措施与建议
如实告知儿子情况：作为父亲，应如实告知儿子自己的醉驾情况，让他了解可能面临的政审风险。
鼓励儿子积极表现：在部队中，儿子的表现是关键。应鼓励他积极表现，争取立功受奖，以弥补父亲醉驾可能带来的负面影响。
寻求法律帮助：如果儿子在政审过程中遇到问题，可以寻求法律帮助，了解相关政策和规定，争取最好的处理结果。
综上所述，父亲醉驾拘役两年是一个严重的法律问题，不仅会对自身产生深远影响，也可能对儿子的服兵役和未来发展带来一定影响。因此，应严格遵守交通法规，杜绝酒驾等违法行为的发生，以维护自身和家庭的合法权益。