若发现营业执照被他人冒用进行违法活动，您应立即采取以下措施保护自身权益并配合执法机关调查：

1. 立即报警并固定证据

   • 第一时间向公安机关报案，说明营业执照被冒用的事实，提供营业执照原件、复印件、公司公章使用记录等证据。
     
   • 若发现对方利用您的营业执照从事诈骗、合同欺诈等具体违法行为，需详细说明时间、地点、涉及金额等关键信息，协助警方立案侦查。
     
   • 法律依据：根据《刑法》第二百八十条之一，冒用他人身份证明或公司证件实施犯罪的，可能构成“使用虚假身份证件、盗用身份证件罪”或相关经济犯罪，您作为受害方需通过报案启动刑事追责程序。

2. 向市场监管部门举报并申请撤销冒用登记

   • 携带身份证、营业执照原件及报案回执，向公司注册地或实际经营地的市场监管部门提交《撤销冒名登记申请书》，要求撤销被冒用的登记信息。
     
   • 市场监管部门将调查核实，若确认登记材料系伪造，会依法撤销相关登记并公示，避免您因“虚假登记”承担法律责任。
     
   • 法律依据：根据《市场主体登记管理条例》第四十条，提交虚假材料取得登记的，登记机关可撤销登记；若您能证明自身无过错，可免除因冒用登记产生的行政处罚风险。

3. 联系相关合作方或受害方说明情况

   • 若冒用者以您的名义签订合同、开展业务，您需主动联系合同相对方或受害方，出示报案回执、市场监管部门受理通知等证明，声明合同非您本人签署或业务非您授权开展。
     
   • 此举可避免您因“表见代理”（对方有理由相信冒用者有权代表您）被牵连进民事纠纷，但需注意保留沟通记录作为证据。
     
   • 风险提示：若您未及时澄清，可能因“未尽到管理义务”被法院认定存在过错，需承担部分赔偿责任。

4. 加强内部管理并防范后续风险

   • 立即挂失并补办营业执照、公章、财务章等重要证件，避免冒用者继续使用；
     
   • 核查公司银行账户、税务登记等信息是否被篡改，必要时联系银行冻结账户、向税务机关说明情况；
     
   • 定期通过“国家企业信用信息公示系统”查询公司登记信息，监控是否有异常变更。
     

总结：营业执照被冒用可能涉及刑事犯罪、行政处罚及民事纠纷，您需通过报警、行政举报、主动澄清及内部管理四步措施全面维权。若已因此产生损失（如被追讨债务、行政罚款），可进一步向我咨询具体赔偿主张或行政复议流程。