结论：工业企业因历史原因未经出让取得土地使用权的情况下，政府是否可以叫停企业正常生产经营，需根据具体情况判断。若企业行为违反现行法律法规，政府有权依法叫停；若企业行为合法或政府未依法行使权力，则政府不能随意叫停。以下从多个角度进行详细分析：
一、土地使用权取得与合法性
土地使用权取得方式：
- 企业取得土地使用权，通常需通过出让、划拨等合法方式。若企业因历史原因未经出让程序取得土地使用权，其土地使用权的合法性可能存疑。
历史遗留问题处理：
- 对于历史遗留的土地使用权问题，政府通常会根据具体情况制定相应的处理政策。若政府已出台相关政策，企业应按照政策要求补办手续或进行其他处理，以使其土地使用权合法化。
二、政府叫停企业生产经营的法律依据
《土地管理法》相关规定：
- 根据《土地管理法》的规定，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。若企业因历史原因未经出让取得土地使用权，且该行为违反了《土地管理法》的相关规定，政府有权依法叫停企业的生产经营活动。
《城乡规划法》相关规定：
- 根据《城乡规划法》的规定，在城市、镇规划区内进行建筑物、构筑物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。若企业未取得建设工程规划许可证进行建设，政府也有权依法叫停。
三、政府叫停企业生产经营的程序与限制
依法行使权力：
- 政府在叫停企业生产经营活动时，必须依法行使权力，遵循法定程序。政府不能随意叫停企业的正常生产经营，否则可能构成行政违法。
听证与复议权利：
- 企业在面临政府叫停生产经营活动时，有权要求政府举行听证，对政府的决定提出异议。同时，企业也有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
四、企业应对策略与建议
核实土地使用权合法性：
- 企业应首先核实自己土地使用权的合法性，包括是否取得土地使用权证书、是否按照规划用途使用土地等。若存在疑问，应及时咨询专业律师或相关部门。
积极与政府沟通：
- 若政府提出叫停企业生产经营活动，企业应积极与政府沟通，了解政府的具体要求和依据。同时，企业也可以向政府提出自己的合理诉求和解决方案。
依法维护权益：
- 若企业认为政府的叫停决定违法或不当，应依法维护自己的权益。这包括申请行政复议、提起行政诉讼等法律途径。
总结来说，工业企业因历史原因未经出让取得土地使用权的情况下，政府是否可以叫停企业正常生产经营，需根据具体情况判断。企业应核实自己土地使用权的合法性，积极与政府沟通，并依法维护自己的权益。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。