结论：在夫妻俩购买的农村房子，男方和女方签订了协议明确归妻子所有的情况下，通常情况下，该房产与男方无关，男方不再拥有份额。但具体还需考虑协议的合法性、是否办理了相关手续以及是否存在其他特殊情况。
分析说明：
协议的合法性：
- 夫妻之间签订的关于财产归属的协议，只要内容合法、双方自愿、意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。
- 在本例中，男方和女方签订了协议，明确房子归妻子所有，这是双方对财产的一种约定，只要该协议符合上述条件，就是合法有效的。
协议的效力：
- 一旦协议生效，就具有法律约束力，双方必须履行。
- 在本例中，如果协议合法有效，那么房子就归妻子所有，男方不再拥有份额，除非协议中有其他约定或者存在法律规定的特殊情况。
是否办理了相关手续：
- 对于房产等不动产，除了签订协议外，还需要办理相关的产权变更手续，如过户登记等，才能确保产权的转移。
- 如果虽然签订了协议，但没有办理过户登记等手续，那么在法律上，房产可能仍然登记在男方名下，但这并不影响协议的效力，只是在实际操作中可能会遇到一些麻烦。不过，从法律原则上讲，协议约定的产权归属仍然应当得到尊重，只是需要通过法律途径来确认和实现。
特殊情况：
- 如果存在欺诈、胁迫等情形导致协议签订时并非双方真实意思表示，那么该协议可能被撤销或认定无效。
- 另外，如果协议中存在显失公平等情形，也可能影响协议的效力。但这些情况都需要具体的证据来支持，不能仅凭一方之言就认定。
法律建议：
- 如果双方已经签订了合法有效的协议，并且已经办理了相关的产权变更手续，那么男方就不再拥有该房产的份额。
- 如果尚未办理产权变更手续，建议尽快办理，以避免不必要的纠纷。
- 如果存在特殊情况或争议，建议咨询专业律师，通过法律途径来确认和实现产权归属。
后续行动指南：
- 双方可以进一步确认协议的合法性和有效性，确保协议内容明确、无歧义。
- 如果尚未办理产权变更手续，应尽快前往相关部门办理，以确保产权的顺利转移。
- 如果遇到任何争议或问题，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
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