公司偷偷拍摄员工身份证复印件的行为，通常属于违法行为，侵犯了员工的隐私权和个人信息权益。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律背景与规定
隐私权保护：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权。任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。身份证复印件包含了个人的敏感信息，如姓名、性别、民族、出生日期、住址、身份证号码等，这些信息属于个人隐私范畴。
个人信息保护：
- 《中华人民共和国个人信息保护法》也明确规定了个人信息的保护原则和处理规则。个人信息是以电子或者其他方式记录的与已识别或者可识别的自然人有关的各种信息，包括但不限于自然人的姓名、出生日期、身份证件号码等。公司未经员工同意，擅自拍摄并留存其身份证复印件，涉嫌非法收集、使用个人信息。
二、公司行为的违法性分析
未经同意收集信息：
- 公司未经员工明确同意，擅自拍摄其身份证复印件，违反了个人信息保护法中关于“告知-同意”的原则。即，在收集个人信息前，应当向个人告知收集的目的、方式和范围，并取得其同意。
信息使用与保护不当：
- 即使公司出于某种合法目的（如员工入职手续）需要收集员工身份证复印件，也应当采取必要的安全保护措施，防止信息泄露、滥用。偷偷拍摄并留存身份证复印件，显然缺乏必要的安全保障措施，增加了信息泄露的风险。
三、可能的法律后果
民事责任：
- 如果公司偷偷拍摄员工身份证复印件的行为被认定为侵犯隐私权或个人信息权益，员工有权要求公司停止侵害、消除影响、赔礼道歉，并可能要求赔偿因此造成的损失。
行政责任：
- 根据个人信息保护法的相关规定，违反个人信息保护规定的，由履行个人信息保护职责的部门责令改正，给予警告，没收违法所得，对违法处理个人信息的应用程序，责令暂停或者终止提供服务；拒不改正的，并处一百万元以下罚款；对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处一万元以上十万元以下罚款。
刑事责任：
- 在极端情况下，如果公司非法获取、出售或者提供公民个人信息，情节严重的，还可能构成侵犯公民个人信息罪，面临刑事处罚。
四、建议与措施
员工方面：
- 员工应增强自我保护意识，注意保护个人隐私和信息安全。一旦发现公司存在偷偷拍摄身份证复印件等违法行为，应及时向公司提出异议，并保留相关证据以便维权。
公司方面：
- 公司应严格遵守法律法规，尊重和保护员工的隐私权和个人信息权益。在收集、使用员工个人信息时，应遵循合法、正当、必要的原则，并采取必要的安全保护措施。
综上所述，公司偷偷拍摄员工身份证复印件的行为通常属于违法行为，侵犯了员工的隐私权和个人信息权益。员工有权要求公司停止侵害并承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。