结论：注册资本100万的公司，其债务超过100万的部分，股东是否需要赔偿，主要取决于公司的性质（有限责任公司或股份有限公司）以及股东是否存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务等行为。
分析说明：
有限责任公司或股份有限公司的一般情况：
- 在有限责任公司或股份有限公司中，股东以其认缴的出资额或认购的股份为限对公司承担责任。这意味着，如果公司的注册资本是100万，那么股东的最大责任限额通常就是这100万。
- 当公司债务超过其注册资本时，股东通常不需要以个人财产来承担超出注册资本部分的债务。公司的债权人只能要求公司以其全部资产来清偿债务，而不能直接向股东追偿。
股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任的特殊情况：
- 如果股东存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任、逃避债务等行为，严重损害公司债权人利益的，根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东可能需要对公司债务承担连带责任。
- 在这种情况下，即使公司的债务超过了其注册资本，股东也可能需要以其个人财产来承担部分或全部债务。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》第三条：“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。”以及第二十条：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”
- 建议：对于债权人而言，如果担心公司债务无法得到清偿，可以关注公司的资产状况、股东行为以及是否存在滥用公司法人独立地位和股东有限责任的情况。对于股东而言，应依法行使股东权利，避免滥用公司法人独立地位和股东有限责任，以免承担不必要的法律责任。
可能后果：
- 如果股东未滥用公司法人独立地位和股东有限责任，且公司资产不足以清偿全部债务，那么债权人可能只能获得部分清偿，而无法追偿超出注册资本部分的债务。
- 如果股东存在滥用行为，且被法院认定需要承担连带责任，那么股东可能需要以其个人财产来清偿公司债务，这可能导致股东面临较大的经济损失。
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