结论：与原告在公安阶段达成协议，到了检察院阶段是否会对被告产生影响，这取决于协议的具体内容、履行情况以及案件本身的性质。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与履行情况
协议内容合法有效且已履行：
- 如果双方在公安阶段达成的协议内容合法、有效，并且被告已经按照协议履行了相关义务（如赔偿损失、道歉等），那么这份协议在检察院阶段通常不会对被告产生额外的负面影响。因为协议已经解决了双方之间的纠纷，检察院在审查案件时，会考虑到这一因素，可能不会对被告提出进一步的指控或要求。
协议内容存在瑕疵或未履行：
- 如果协议内容存在瑕疵（如违反法律法规、显失公平等），或者被告未按照协议履行相关义务，那么这份协议在检察院阶段可能会成为对被告不利的证据。检察院在审查案件时，可能会根据协议的内容和履行情况，对被告提出进一步的指控或要求，甚至可能影响案件的定性或量刑。
二、案件性质与检察院的审查重点
案件性质轻微：
- 如果案件性质本身比较轻微，且双方在公安阶段已经达成了和解协议，那么检察院在审查案件时，可能会倾向于对被告从轻处理或不起诉。因为和解协议的达成，表明被告已经认识到了自己的错误，并愿意承担相应的责任，这有助于化解社会矛盾，促进社会和谐。
案件性质严重或涉及公共利益：
- 如果案件性质比较严重，或者涉及公共利益（如环境污染、食品安全等），那么检察院在审查案件时，可能会更加严格地审查协议的内容和履行情况。即使双方在公安阶段已经达成了协议，检察院也可能根据案件的具体情况，对被告提出进一步的指控或要求，以维护公共利益和社会秩序。
三、法律建议
确保协议内容合法有效：
- 在与原告达成协议时，被告应确保协议内容合法、有效，不违反法律法规的强制性规定，也不损害国家、集体或第三人的利益。同时，协议应明确双方的权利和义务，以及违约责任等条款，以便在协议履行过程中有章可循。
认真履行协议义务：
- 被告应认真履行协议约定的义务，如按时赔偿损失、履行道歉等。如果因特殊原因无法履行协议义务，应及时与原告沟通协商，寻求解决方案。避免因未履行协议义务而给自己带来不必要的法律风险。
咨询专业律师意见：
- 在与原告达成协议前或履行协议过程中，被告可以咨询专业律师的意见，了解协议的法律效力和可能产生的法律后果。律师可以根据案件的具体情况，为被告提供专业的法律建议和指导，帮助被告更好地维护自己的合法权益。
如果您在与原告达成协议或履行协议过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助。