当行使质权时发现质押财产已被查封，质权人首先需明确的是，其质权并不因查封而当然消灭，但质权的行使会受到一定限制，具体处理方式需根据查封的原因和阶段来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、查封原因及阶段对质权行使的影响
查封原因：
- 若查封是因为质押财产本身存在权属争议或涉及其他法律纠纷，质权人需仔细审查质押合同及质押财产的权属证明，确认自己是否为善意质权人。若质权人善意取得质权，且质押合同合法有效，则质权人仍有权就质押财产优先受偿。
- 若查封是因为出质人（即提供质押财产的一方）的其他债务纠纷，且该债务与质押财产无直接关联，质权人同样有权就质押财产优先受偿，但需注意查封可能对质押财产的处置（如拍卖、变卖）产生影响。
查封阶段：
- 诉前保全阶段：在诉前保全阶段，法院对质押财产的查封主要是为了防止财产被转移或隐匿，以确保未来判决的执行。此时，质权人可以向法院提出异议，说明自己对质押财产享有质权，并请求法院在保全措施中予以考虑。若法院认可质权人的异议，可能会对保全措施进行调整，以保障质权人的合法权益。
- 诉讼阶段：在诉讼阶段，若法院已对质押财产进行查封，质权人仍需向法院主张自己的质权，并请求法院在判决中明确质权人的优先受偿权。同时，质权人需密切关注诉讼进展，以便在判决生效后及时申请执行。
- 执行阶段：在执行阶段，若质押财产已被法院查封并准备进行拍卖、变卖等处置措施，质权人应及时向执行法院申报自己的债权和质权，并请求法院在处置质押财产时优先满足质权人的债权。若执行法院未依法保障质权人的优先受偿权，质权人可以依法提出执行异议或申请复议。
二、质权人的具体应对措施
- 审查质押合同及权属证明：质权人应仔细审查质押合同及质押财产的权属证明，确认质押合同的合法性和有效性，以及自己对质押财产是否享有合法的质权。
- 向法院提出异议：若质权人认为法院的查封措施侵犯了自己的合法权益，可以向法院提出书面异议，说明自己对质押财产享有质权，并请求法院在保全、诉讼或执行措施中予以考虑。
- 申报债权和质权：在诉讼或执行阶段，质权人应及时向法院申报自己的债权和质权，并提供相关证据材料，以便法院在判决或执行中依法保障质权人的优先受偿权。
- 参与质押财产的处置：若质押财产被法院准备进行拍卖、变卖等处置措施，质权人应积极参与处置过程，了解处置进展和结果，并确保自己的优先受偿权得到实现。
三、可能面临的法律后果及风险提示
- 质权行使受限：由于查封措施的存在，质权人行使质权可能会受到一定限制，如无法直接处置质押财产等。因此，质权人需密切关注查封措施的变化和诉讼、执行进展，以便及时调整自己的应对策略。
- 优先受偿权受影响：若法院在判决或执行中未依法保障质权人的优先受偿权，质权人可能会面临债权无法全额实现的风险。因此，质权人需积极主张自己的权利，并依法提出异议或申请复议。
- 诉讼风险：在行使质权过程中，质权人可能会面临与出质人、其他债权人或法院的诉讼风险。因此，质权人需做好充分的诉讼准备，并寻求专业律师的帮助以降低诉讼风险。
最后，建议质权人在遇到此类情况时，及时咨询专业律师（即我本人，梁栋律师，专注于刑事辩护、经济纠纷领域），以便根据具体情况制定合适的应对策略并保障自己的合法权益。