结论：公司举报员工职务侵占后，能否撤案需根据具体情况判断，主要分为刑事诉讼和民事诉讼两个维度。在刑事诉讼中，公司通常无法自行决定撤案；而在民事诉讼中，公司作为原告有权根据自身意愿决定是否撤诉。
刑事诉讼程序中
职务侵占罪属于公诉案件，一旦公安机关立案侦查，即代表国家公权力已经介入，公司或个人通常无法自行决定撤案。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，司法机关在特定法定情形下才会作出撤销案件的决定，这些情形包括但不限于：
情节显著轻微、危害不大：若经侦查发现，尽管存在职务侵占行为，但侵占数额极小，未达到职务侵占罪的立案标准（如根据相关司法解释，职务侵占数额需达三万元以上才应立案追诉），或行为的社会危害性极其轻微，不构成犯罪，此时公安机关可以撤销案件。
犯罪已过追诉时效期限：若职务侵占行为发生后，已超过法定的追诉时效期限，则司法机关可撤销案件。例如，对于法定最高刑不满五年有期徒刑的犯罪行为，经过五年后将不再追诉。
经特赦令免除刑罚：若职务侵占犯罪嫌疑人获得特赦令，司法机关将撤销案件。
犯罪嫌疑人、被告人死亡：侦查过程中，若犯罪嫌疑人死亡，因其刑事责任具有人身专属性，无法继续刑事追究，公安机关应撤销案件。
其他法律规定免予追究刑事责任的：若存在其他法律规定的免予追究刑事责任的特殊情形，司法机关亦会作出撤销案件的决定。
特别说明：“依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉”这一情形不适用于职务侵占案件，因为职务侵占罪并非告诉才处理的范畴。
民事诉讼程序中
在刑事诉讼之外，公司亦可选择通过民事诉讼程序追究侵占者的民事责任，要求其返还侵占的财物并赔偿损失等。作为原告，公司在诉讼过程中可根据自身意愿决定是否撤诉。只要符合法律规定的撤诉条件，法院通常会准许撤诉。例如，双方达成和解协议，侵占者同意返还财物并给予相应赔偿后，公司即可向法院申请撤诉。
然而，即便犯罪嫌疑人退还了侵占的财物，这也仅作为量刑时的一个考量情节，并不意味着案件能自动撤销。司法机关会全面考量犯罪的性质、具体情节、社会危害程度及犯罪嫌疑人的悔罪表现等因素，依法作出处理决定。
建议
针对职务侵占案件，我建议公司尽早采取行动，并考虑以下方面：
收集证据：在举报前，公司应尽可能收集员工职务侵占的证据，如财务记录、交易凭证、证人证言等，以便在后续的法律程序中支持其主张。
咨询法律意见：在举报前或举报过程中，公司应咨询专业律师的法律意见，以了解具体的法律程序和可能面临的法律责任，从而更好地维护自身合法权益。
综合考虑法律途径：在处理此类案件时，公司应综合考虑刑事与民事两方面的法律途径，以期达到最佳的法律效果和社会效果。例如，在刑事诉讼中积极配合司法机关的调查工作，同时在民事诉讼中积极主张自己的权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。