核心结论：若二审中被告因理解错误同意原告撤诉请求，法院判决撤销一审判决，被告可采取申请再审、与原告协商重新起诉后积极应诉、接受判决结果并寻求其他救济途径等方式应对，具体如下：

1. 申请再审
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。在二审中因自身理解错误同意撤诉导致一审判决被撤销，若认为该结果存在错误，损害自身合法权益，被告有权申请再审。
   • 申请条件：需要满足一定的条件，例如有新的证据，足以推翻原判决、裁定；原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的；据以作出原判决、裁定的法律文书被撤销或者变更等法定情形。被告需要收集相关证据，证明二审中同意撤诉存在重大误解等可撤销事由，或者一审判决存在错误等符合再审申请条件的情况。
   • 申请流程：被告应在判决、裁定发生法律效力后六个月内，向上一级人民法院提交再审申请书，并按照对方当事人人数提出副本。再审申请书应当写明申请再审的当事人、原审人民法院的名称、原判决或裁定文书文号、申请再审的事实与理由等内容，同时附上相关证据材料。
2. 与原告协商重新起诉后积极应诉
   • 协商重新起诉：被告可以主动与原告沟通，说明二审中同意撤诉是因理解错误，并非真实意愿，尝试与原告达成重新起诉的共识。如果原告同意重新起诉，那么案件将进入新的诉讼程序。
   • 积极应诉：在重新起诉后，被告要认真对待诉讼，积极收集对自己有利的证据，如证明原告主张不成立的相关事实证据、反驳原告证据的证据等。同时，按照法院规定的期限和要求提交答辩状等法律文书，按时参加庭审，在庭审中充分阐述自己的观点和理由，维护自身合法权益。
3. 接受判决结果并寻求其他救济途径
   • 接受判决：如果被告认为申请再审难度较大，或者经过评估认为重新诉讼对自己不利，也可以选择接受二审判决结果。接受判决并不意味着完全放弃权益，而是基于现实情况的一种权衡。
   • 寻求其他救济：在某些情况下，被告可以根据案件具体情况，考虑通过其他非诉讼途径来维护自己的权益。例如，如果涉及合同纠纷，且合同中存在仲裁条款，被告可以与原告协商通过仲裁方式解决争议；如果原告的行为涉嫌违法犯罪，被告可以向相关部门举报，通过刑事手段来维护自己的合法权益。