核心结论：以公司名义接工程但实际由个人承包且未签订合同，出现问题时，需根据具体问题类型，从民事赔偿、行政处罚、刑事责任三个角度分别处理，同时建议尽快补签合同或收集其他证据以明确责任主体。以下是详细分析：
一、民事赔偿角度
责任主体认定：
- 若工程出现问题导致第三方受损（如工程质量不合格造成他人财产或人身损害），根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。此时需明确实际施工人（个人）与公司之间的责任划分。
- 若公司允许个人以公司名义承包工程，可能被认定为“表见代理”或“挂靠”关系。根据《民法典》第172条，行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，相对人有理由相信行为人有代理权的，代理行为有效。此时公司可能需先对外承担责任，再向实际施工人追偿。
- 若公司能证明第三方明知实际施工人为个人（如合同相对方直接与个人对接），则可能减轻公司责任，但需充分证据支持。
建议措施：
- 尽快补签书面合同，明确双方权利义务（如工程质量标准、违约责任、赔偿范围等）。若无法补签，需收集其他证据（如聊天记录、转账记录、施工记录等）证明实际施工关系。
- 若已发生损害，建议立即与受损方协商赔偿方案，避免损失扩大；若协商不成，需通过诉讼或仲裁解决，此时公司可能需作为被告或共同被告参与诉讼。
二、行政处罚角度
违法情形认定：
- 根据《建筑法》第26条，承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。
- 若公司允许个人以公司名义承包工程，可能被认定为“出借资质”或“挂靠”行为，面临行政处罚。根据《建筑法》第66条，对因该项承揽工程不符合规定的质量标准造成的损失，建筑施工企业与使用本企业名义的单位或者个人承担连带赔偿责任。
建议措施：
- 立即停止违规行为，避免进一步处罚。
- 若已被行政机关查处，需积极配合调查，提供相关证据（如实际施工人身份、工程款支付记录等），争取从轻或减轻处罚。
三、刑事责任角度
违法情形认定：
- 若工程出现重大安全事故（如坍塌、人员伤亡），根据《刑法》第134条（重大责任事故罪）或第135条（重大劳动安全事故罪），实际施工人（个人）可能承担刑事责任。
- 若公司明知个人无资质仍允许其以公司名义承包工程，且对事故发生负有直接责任（如未提供安全防护措施、未监督施工等），公司相关责任人员（如法定代表人、直接负责的主管人员）也可能被追究刑事责任。
建议措施：
- 立即采取措施防止事故扩大（如组织救援、保护现场等），并立即向相关部门报告。
- 积极配合刑事调查，提供相关证据（如安全管理制度、施工记录、培训记录等），证明公司已尽到合理管理义务。
四、综合建议
- 尽快补签合同或收集证据：明确双方权利义务，避免责任划分不清。
- 规范工程管理：确保实际施工人具备相应资质，加强施工过程监督，避免安全事故。
- 咨询专业律师：根据具体问题类型（如民事赔偿、行政处罚、刑事责任），制定针对性应对方案。
如有进一步法律问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细解答。