在起诉财产混同时，确实可以申请法院调查公司的银行流水，但需满足一定条件并遵循法定程序。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与申请条件
根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者法院认为审理案件需要的证据，法院应当调查收集。在起诉财产混同的案件中，公司的银行流水作为关键证据，往往涉及公司财产与股东个人财产是否混同的认定，因此，若原告因客观原因无法自行获取这些流水，可以向法院提出调查申请。
申请条件主要包括：
- 证据的重要性：银行流水必须是对证明案件事实有重要意义的证据。
- 客观原因无法获取：原告需证明自己因客观原因（如公司拒绝提供、银行保密规定等）无法自行获取这些流水。
- 申请的及时性：应在举证期限届满前向法院提出申请。
二、申请流程与注意事项
- 提交书面申请：原告需向法院提交书面调查申请，明确说明需要调查的银行流水的时间段、账户信息以及调查的目的和理由。
- 法院审查：法院会对申请进行审查，判断是否符合调查收集证据的条件。若符合，法院会出具调查令或直接调查。
- 银行配合：法院在调查时，会要求银行提供相关的银行流水。银行有义务配合法院的调查工作。
注意事项：
- 确保申请的合法性：申请调查银行流水必须基于合法的诉讼目的，不得滥用诉讼权利。
- 提供充分证据：原告在申请时，应尽可能提供其他相关证据，以支持其申请调查银行流水的必要性。
- 尊重法院决定：若法院决定不调查或调查后未发现混同证据，原告应尊重法院的决定，并考虑其他诉讼策略。
三、可能面临的法律后果
- 若调查发现混同证据：若法院调查后发现公司财产与股东个人财产确实存在混同情况，这将对案件的判决产生重要影响，可能支持原告的诉讼请求，如要求股东对公司债务承担连带责任等。
- 若未发现混同证据：若调查后未发现混同证据，则原告可能需要承担举证不能的法律后果，即其诉讼请求可能得不到法院的支持。
四、建议与策略
- 提前准备：在起诉前，原告应尽可能收集其他相关证据，以支持其关于财产混同的主张。
- 合理申请：在申请调查银行流水时，应明确申请的目的和理由，并提供充分的证据支持其申请的必要性。
- 考虑其他证据：除了银行流水外，还可以考虑收集其他证据，如公司财务报告、审计报告、股东会决议等，以形成完整的证据链。
在起诉财产混同时，申请调查公司银行流水是一种有效的证据收集方式，但需满足一定条件并遵循法定程序。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。