结论：公司名义签订个人协议后，能否通过微信转账需视具体情况而定，主要取决于协议内容、转账目的及公司财务管理制度等因素。以下从不同角度进行分析：
一、协议性质与转账目的
协议性质：
- 若协议明确为公司与个人之间的经济往来，且转账行为符合协议约定，如支付货款、服务费等，则微信转账作为一种支付方式，在双方同意且符合公司财务管理规定的情况下，是可行的。
- 若协议性质模糊或存在争议，如名义上为公司协议，但实际涉及个人利益或非公司业务，则微信转账可能引发法律风险，如被认定为个人行为而非公司行为，从而影响公司权益。
转账目的：
- 转账目的应与协议内容一致，且符合公司业务范围和财务管理制度。例如，若协议约定公司向个人支付某项费用，且该费用属于公司正常经营支出，则微信转账是合理的。
- 若转账目的与协议无关或存在不当目的，如个人私用、洗钱等，则不仅违反公司规定，还可能触犯法律。
二、公司财务管理制度
制度规定：
- 公司应建立完善的财务管理制度，明确支付方式、审批流程等。若制度允许使用微信转账作为支付方式，并规定了相应的审批和记录要求，则公司可以按照制度执行。
- 若制度未明确规定或禁止使用微信转账，则公司应谨慎处理，避免违反制度规定。
审批与记录：
- 无论采用何种支付方式，公司都应确保转账行为经过适当审批，并保留完整的记录，以便后续审计和查询。微信转账虽然便捷，但也应确保转账记录清晰、可追溯。
三、法律风险与合规性
法律风险：
- 使用微信转账可能面临一定的法律风险，如转账记录易被篡改、丢失等，导致证据不足或难以证明转账事实。此外，若转账行为涉及违法活动，如逃税、洗钱等，则公司可能面临法律责任。
- 因此，公司在使用微信转账时，应确保转账行为合法合规，并采取必要措施保护转账记录的安全性和完整性。
合规性建议：
- 公司应在使用微信转账前，对协议内容进行仔细审查，确保转账行为符合协议约定和公司利益。
- 公司应建立完善的财务管理制度，明确支付方式、审批流程等，并加强对员工的培训和监督，确保转账行为合规。
- 公司应定期对转账记录进行审计和查询，确保转账行为的真实性和合法性。
总结与建议：公司名义签订个人协议后，能否通过微信转账需根据协议内容、转账目的及公司财务管理制度等因素综合判断。为确保合规性和降低法律风险，公司应在使用微信转账前进行充分审查，并建立完善的财务管理制度和审批流程。如有任何疑问或需要进一步法律建议，请直接向我咨询。