结论：本诉和应诉合并处理，且由同一律师代理时，是否需要交两次律师代理费，这主要取决于律师与当事人之间的委托代理合同约定，一般情况下不需要交两次费用，但具体还需看合同内容。
分析说明：
合同约定优先：
- 律师代理费的支付方式和金额，首先应当遵循律师与当事人之间签订的委托代理合同的约定。如果合同中明确规定了无论本诉还是应诉，无论是否由同一律师代理，都只需支付一次代理费，那么当事人就无需支付两次费用。
- 反之，如果合同中约定了本诉和应诉分别计算代理费，或者虽然合并处理但仍有额外费用，那么当事人就需要按照合同约定支付相应的费用。
行业惯例与公平原则：
- 在没有合同明确约定的情况下，可以参考行业惯例和公平原则来判断。一般来说，如果本诉和应诉合并处理，且由同一律师代理，那么从公平和合理的角度出发，律师不应重复收取代理费。
- 然而，这也并非绝对，因为律师的工作量可能因案件复杂程度、诉讼阶段等因素而有所不同。如果律师确实为本诉和应诉付出了更多的工作，那么适当增加代理费也是合理的。
实际操作建议：
- 在签订委托代理合同时，当事人应当与律师明确约定代理费的支付方式和金额，包括是否包含本诉和应诉的代理费，以及是否因合并处理而有所调整。
- 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，当事人可以与律师进行协商，根据案件实际情况和律师的工作量来确定合理的代理费。
特殊场景：
- 如果本诉和应诉虽然合并处理，但涉及不同的法律关系或诉讼请求，且律师需要分别进行准备和诉讼，那么律师可能会根据工作量的大小和复杂程度，与当事人协商增加代理费。
- 另外，如果当事人在诉讼过程中更换了律师，或者增加了新的诉讼请求，那么新的律师代理费也需要根据新的委托代理合同来确定。
行动建议：
- 如果你正面临这样的情况，建议你首先查看与律师签订的委托代理合同，了解其中关于代理费支付方式和金额的约定。
- 如果合同中没有明确约定，或者你对合同内容有疑问，可以与律师进行沟通协商，明确代理费的支付方式和金额。
- 在任何情况下，都应当确保代理费的支付是合理和公平的，既不过高也不过低，以维护你的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。