合作合同书只盖了备案私章，在一般情况下是可能有效的，但具体效力需结合多种因素综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 私章的法律效力：

   • 私章，尤其是备案私章，在一定程度上能够代表个人的身份和意愿。然而，与公章相比，私章的法律效力在合同领域通常较弱。公章作为单位或组织的法定代表标志，具有更广泛的法律认可度和效力。
   • 如果私章是经过合法备案且确实属于合同当事人的，那么在一定程度上可以视为当事人对合同内容的认可和同意。但这种认可和同意的效力，可能因具体情况和法律规定而有所不同。

2. 合同效力的综合判断：

   • 合同内容合法性：无论合同上盖的是公章还是私章，合同内容都必须合法，不违背公序良俗。这是合同有效性的基础。
   • 当事人民事行为能力：订立合同的当事人必须具备相应的民事行为能力。如果当事人不具备相应的民事行为能力，即使合同上盖有私章，也可能导致合同无效。
   • 合同特别约定：如果合同中明确约定了生效条件，如必须由法定代表人签字、加盖公章或其他特定形式才能生效，那么仅盖备案私章可能并不足以使合同有效。此时，需满足合同约定的生效条件，合同才能产生法律效力。
   • 私章真实性：如果私章是伪造的或存在其他违法行为，那么合同的效力也会受到影响。因此，在签订合同时，应确保私章的真实性，以避免潜在的法律风险。

3. 实际操作建议：

   • 尽量使用公章：为了降低法律风险，建议在签订合作合同时尽量使用公章，因为公章的法律效力更为明确和广泛。
   • 同时要求签字：除了盖章外，也可以同时要求法定代表人或授权代表签字，以确保合同的合法性和有效性。这样即使私章出现问题，也有签字作为额外的保障。
   • 完善合同条款：在合同中明确约定生效条件、违约责任等关键条款，以减少因盖章问题引发的纠纷。

可能产生的法律后果：

• 如果合同因仅盖备案私章而无效或存在争议，可能导致合同双方无法按照约定履行义务，进而引发经济纠纷或法律诉讼。
• 在某些情况下，如果私章被伪造或滥用，还可能涉及刑事责任问题。

综上所述，合作合同书只盖了备案私章的效力并非绝对有效或无效，而是需要根据具体情况和法律规定进行综合判断。为了降低法律风险，建议在签订合同时尽量使用公章，并同时要求法定代表人或授权代表签字。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。