针对农民超过批准面积建设住宅，既违反《城乡规划法》又违反《土地管理法》的情况，执法主体主要依据具体违法情形和法律规定来确定，具体分析如下：

1. 违反《城乡规划法》的执法主体：

   • 城乡规划主管部门：根据《城乡规划法》的相关规定，对于在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或者未按照乡村建设规划许可证的规定进行建设的行为，由乡、镇人民政府责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。这里虽然直接执行的是乡、镇人民政府，但城乡规划主管部门在规划制定、审批和监管过程中也扮演着重要角色，对于违法行为的发现和报告有重要职责。不过，在直接执法层面，针对此类违法建设行为，通常是由乡、镇人民政府作为主要的执法主体。若涉及更复杂的规划问题或需要上级部门指导，城乡规划主管部门会介入。
   • 特殊情况下的县级以上地方人民政府：对于严重影响城乡规划且乡、镇人民政府无法独立处理的情况，县级以上地方人民政府城乡规划主管部门也有权采取相应措施，包括责令停止建设、限期改正，甚至强制拆除。

2. 违反《土地管理法》的执法主体：

   • 县级以上人民政府土地行政主管部门：根据《土地管理法》的规定，对于农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的行为，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。这是针对土地违法行为的直接执法主体。
   • 乡、镇人民政府的协助与配合：虽然乡、镇人民政府不是直接的土地管理执法主体，但在实际工作中，它们往往需要协助县级以上人民政府土地行政主管部门进行土地违法行为的调查、取证和执行工作。

综合分析：

• 在农民超过批准面积建设住宅的案例中，如果主要违法事实是未按照规划进行建设，那么执法主体更侧重于城乡规划方面，以乡、镇人民政府为主，城乡规划主管部门提供指导和支持。
• 如果主要违法事实是非法占用土地，那么执法主体则主要是县级以上人民政府土地行政主管部门。
• 在实际操作中，由于违法建设行为往往同时涉及规划和土地两个方面，因此可能会出现多个部门联合执法的情况，以确保违法行为的全面查处和纠正。

建议：

• 农民在建设住宅时，应严格遵守相关法律法规和规划要求，确保建设行为合法合规。
• 如果发现存在违法建设行为，应及时向相关部门报告并配合调查处理工作。
• 对于涉及法律纠纷或需要法律帮助的情况，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。