结论前置：关于之前迟到早退未被发现，发工资后能否扣回来的问题，这主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了迟到早退的处罚措施，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已经签署确认了这些规章制度，或者劳动合同中有相关约定，那么公司有权根据这些规定对员工进行相应的处罚，包括扣除工资。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 处罚的合理性与合法性：

   • 即使公司有规章制度或劳动合同中的相关约定，处罚也必须合理合法。例如，扣除的工资数额不能超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 如果公司之前未发现员工的迟到早退行为，而在发工资后才发现并想要扣除工资，这可能会引发争议。因为员工可能会认为公司未及时告知其违规行为，从而质疑处罚的公正性。
   • 为了避免争议，公司应当建立完善的考勤管理制度，及时记录员工的出勤情况，并在发现违规行为时及时与员工沟通并告知其可能的处罚措施。

4. 员工的权益保护：

   • 如果员工认为公司的处罚措施不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：对于公司而言，应当制定合理合法的规章制度，并确保员工知晓并签署确认；同时，建立完善的考勤管理制度，及时记录并处理员工的违规行为。对于员工而言，应当遵守公司的规章制度和劳动合同的约定，如有异议或认为处罚不合理，可以及时与公司沟通或寻求法律援助。

后续行动指南：如果您或您的公司面临类似问题，建议首先审查公司的规章制度和劳动合同中的相关约定，确保处罚措施的合理性和合法性；如有必要，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。