土地已被征收后，地上建筑物能否在民事案件中处理，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、征收程序与地上建筑物处理的关系
征收程序合法性：
- 若土地征收程序合法，且征收决定中已明确包含对地上建筑物的补偿或处理方式，则地上建筑物的处理通常应遵循征收决定中的规定。在此情况下，若因补偿等问题产生纠纷，一般通过行政诉讼或行政复议途径解决，而非民事案件。
征收程序瑕疵：
- 若征收程序存在瑕疵，如未依法进行公告、未听取被征收人意见等，被征收人可能对征收决定的合法性提出异议。在此情况下，若地上建筑物的处理与征收程序紧密相关，且争议焦点在于征收决定的合法性，则该争议可能通过行政诉讼解决。然而，若争议焦点在于地上建筑物的价值评估、补偿标准等具体民事权益问题，且这些问题是独立于征收程序合法性的，则有可能在民事案件中处理。
二、地上建筑物权属与民事案件处理
权属清晰：
- 若地上建筑物的权属清晰，且被征收人与征收方就建筑物的补偿问题无法达成一致，被征收人可以就建筑物的补偿问题提起民事诉讼，要求征收方按照市场价值或其他合理标准进行补偿。
权属争议：
- 若地上建筑物的权属存在争议，如存在多个权利人或权属不明的情况，则该争议可能首先需要通过民事诉讼或其他途径解决权属问题。在权属问题解决后，再根据征收决定或相关法律法规处理建筑物的补偿问题。然而，若权属争议与征收程序紧密相关，且争议焦点在于征收决定的合法性或补偿标准的合理性，则该争议可能通过行政诉讼解决。
三、特殊情况下的民事案件处理
征收方与被征收方协议处理：
- 在某些情况下，征收方与被征收方可能就地上建筑物的处理达成协议，如协议拆迁、自主搬迁等。若协议中明确约定了建筑物的处理方式、补偿标准等，且该协议是双方真实意思表示且不违反法律法规的强制性规定，则该协议具有法律效力。若因协议履行等问题产生纠纷，则可以通过民事诉讼解决。
第三方侵权或损害：
- 若地上建筑物在征收过程中或征收后因第三方原因遭受损害，如被非法拆除、破坏等，且该损害与征收行为无直接关联，则被征收人可以就损害赔偿问题提起民事诉讼，要求第三方承担赔偿责任。
四、法律建议
- 审查征收程序：在面临土地征收时，首先应审查征收程序的合法性，包括征收决定的作出、公告、听取意见等环节是否符合法律法规的规定。
- 明确权属关系：确保地上建筑物的权属清晰，避免因权属争议而引发不必要的法律纠纷。
- 协商与诉讼结合：在征收过程中，积极与征收方进行协商，争取达成合理的补偿协议。若协商无果，且符合民事诉讼条件，可依法提起民事诉讼维护自身权益。
若您在土地征收过程中遇到地上建筑物处理问题，或因征收产生其他法律纠纷，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。