公路保护区范围内的违建，一般由县级以上地方人民政府交通主管部门或者公路管理机构负责处理。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与职责划分

根据《中华人民共和国公路法》的相关规定，公路建筑控制区的范围，由县级以上地方人民政府按照保障公路运行安全和节约用地的原则，依照国务院的规定划定。在公路建筑控制区内，除公路保护需要外，禁止修建建筑物和地面构筑物。对于违反规定在公路建筑控制区内修建的建筑物、地面构筑物或者擅自埋设管线、电缆等设施，公路管理机构有权责令限期拆除，并可以处五万元以下的罚款。逾期不拆除的，由公路管理机构拆除，有关费用由建筑者、构筑者承担。

具体处理流程

1. 发现与调查：公路管理机构或交通主管部门在日常巡查或接到举报后，会对公路保护区范围内的疑似违建进行调查核实。
2. 责令拆除：一旦确认存在违建，公路管理机构会向违建者发出责令限期拆除的通知，并告知其违法事实和法律依据。
3. 罚款与强制执行：如果违建者在规定期限内未自行拆除，公路管理机构有权对其处以罚款，并可以依法强制拆除。强制拆除的费用将由违建者承担。

特殊情况与考虑因素

• 历史遗留问题：对于一些历史遗留的违建，如果其存在对公路安全影响不大，且拆除成本较高，公路管理机构可能会根据实际情况采取其他处理方式，如补办相关手续、限制使用等。
• 跨部门协作：在处理公路保护区范围内的违建时，公路管理机构可能需要与城市规划、国土资源、城管执法等部门进行协作，共同确保公路的安全和畅通。

法律建议

• 遵守法律法规：任何单位和个人都应严格遵守公路保护区的相关规定，不得在公路建筑控制区内修建建筑物或地面构筑物。
• 及时咨询与处理：如果发现自己或他人存在违建行为，应及时向公路管理机构或交通主管部门咨询并处理，以避免不必要的法律后果。

如果您在公路保护区范围内遇到违建问题或相关法律纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。