当员工违反超市规章制度时，超市作为用人单位，可以依据既定的规章制度对员工进行处理，但处理过程需遵循一定的原则和程序，以确保公正、合理且合法。以下是对此问题的详细解答：
一、处理原则
及时性原则：一旦发现员工违反规章制度，超市应尽快作出处理决定，避免超过合理期限，以免合法解除因超过合理期限而变成违法解除，导致超市承担支付赔偿金的不利后果。
公正性原则：处理过程应公正无私，不偏袒任何一方，确保员工受到的处理与其违规行为相匹配。
合法性原则：处理措施必须符合国家法律法规和超市的规章制度，不得侵犯员工的合法权益。
二、处理程序
调查核实：超市应首先对员工的违规行为进行调查核实，收集相关证据，确保处理决定的准确性。
告知员工：在作出处理决定前，超市应告知员工其违规行为及可能面临的后果，给予员工陈述和申辩的机会。
作出处理决定：根据调查结果和员工的陈述申辩，超市应作出合理的处理决定，如警告、罚款、降职、解雇等。处理决定应明确、具体，并告知员工其申诉途径。
执行处理决定：超市应按照处理决定对员工进行相应的处理，并确保处理决定的执行到位。
记录归档：超市应将员工的违规行为及处理决定记录在案，作为员工绩效考核、晋升、解雇等决策的依据。
三、注意事项
规章制度合法性：超市的规章制度必须符合国家法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。否则，规章制度将无效，超市依据无效规章制度作出的处理决定也将被视为违法。
处理措施合理性：处理措施应与员工的违规行为相匹配，既不过轻也不过重。过轻的处理可能无法起到警示作用，过重的处理则可能引发员工的不满和抵触情绪。
员工申诉机制：超市应建立员工申诉机制，允许员工对处理决定提出异议和申诉。这有助于保障员工的合法权益，同时也有助于超市及时发现并纠正处理过程中的错误。
四、法律依据
虽然无法直接引用具体的法律条文来规定超市对员工违规行为的处理时限，但根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在行使管理权利时，应遵循合理、公正、合法的原则，并在合理期限内行使处理权利。
综上所述，当员工违反超市规章制度时，超市应遵循及时性、公正性和合法性原则，按照调查核实、告知员工、作出处理决定、执行处理决定和记录归档的程序进行处理，并注意规章制度的合法性、处理措施的合理性和员工申诉机制的建立。