超过三年期限的工程款，其法律后果及计算方式主要取决于是否已过诉讼时效，具体分析如下：

1. 若工程款已过诉讼时效（三年）：

   • 法律后果：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。若工程款债权自知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起超过三年未行使，则可能丧失胜诉权。这意味着，即使起诉至法院，对方提出诉讼时效抗辩的，法院可能不再支持您的诉求。
   • 计算方式：诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。对于工程款而言，通常是从工程竣工验收合格、结算完成或约定付款期限届满之日起算。若超过三年，则视为已过诉讼时效。
   • 特殊情况：若在诉讼时效期间内，您曾向对方主张过权利（如发送催款函、提起诉讼等），或对方同意履行义务（如签署还款协议），则诉讼时效可能中断并重新计算。

2. 若工程款未过诉讼时效（三年内）：

   • 法律后果：您仍有权向法院提起诉讼，要求对方支付工程款及可能的违约金、利息等。法院将依法审理并作出判决，支持您的合法诉求。
   • 计算方式：工程款的计算通常依据合同约定，包括工程总量、单价、变更签证等。若合同无约定或约定不明，则可参照行业惯例或市场价格进行计算。同时，您还有权要求对方支付逾期付款的利息或违约金，具体标准可依据合同约定或法律规定。

3. 应对策略：

   • 对于已过诉讼时效的工程款：您可尝试与对方协商，看是否能达成还款协议或分期还款计划。若协商无果，且对方明确提出诉讼时效抗辩，则您可能需要考虑其他非诉讼途径（如调解、仲裁等）或接受部分损失。
   • 对于未过诉讼时效的工程款：建议您及时收集证据（如合同、结算单、催款记录等），并向法院提起诉讼或申请仲裁，以维护您的合法权益。

温馨提示：工程款纠纷涉及复杂的法律关系和证据收集，建议您在处理此类问题时咨询专业律师，以确保您的权益得到充分保障。若您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。