人民法院在发现未成年人未受到司法保护时，应依法主动采取措施，确保其合法权益得到保障，具体处理方式如下：

1. 启动司法保护程序
   根据《未成年人保护法》及《刑事诉讼法》相关规定，法院在审理涉及未成年人的案件时，若发现其未获得有效司法保护（如未指定法定代理人、未进行法律援助、未采取特殊保护措施等），应立即依职权主动纠正。例如：

   • 为未委托辩护人的未成年被告人指定法律援助律师；
     
   • 通知法定代理人到庭参与诉讼，或指定合适成年人（如社工、教师）代行职责；
     
   • 对涉及隐私的案件依法不公开审理，避免二次伤害。

2. 联动多部门协同保护
   法院若发现未成年人保护存在系统性漏洞（如家庭监护缺失、学校教育失当、社会救助不足），可依据《未成年人保护法》第九条，向民政、教育、公安等部门发出司法建议，要求其履行法定职责。例如：

   • 发现未成年人遭受家庭暴力，可建议公安机关立案侦查，或联系民政部门启动临时监护程序；
     
   • 发现学校未履行强制报告义务，可向教育主管部门通报并督促整改。

3. 优先适用特殊保护原则
   在案件处理中，法院应严格遵循“最有利于未成年人”原则（《未成年人保护法第四条》），具体表现为：

   • 程序优先：对涉未成年人案件优先立案、审理、执行，避免拖延导致权益受损；
     
   • 实体从轻：在刑事案件中依法从宽处理（如封存犯罪记录、适用缓刑），在民事案件中优先保障其生存权、发展权（如抚养费优先支付）；
     
   • 心理干预：对遭受侵害的未成年人，可委托专业机构进行心理评估，并在判决中要求侵权方承担心理治疗费用。

4. 强化监督与追责
   若发现公职人员（如警察、检察官、法官）在涉未成年人案件中存在失职行为，法院可依据《监察法》或《公务员法》移送纪检监察机关处理；若涉及渎职犯罪，则依法移送检察院立案侦查。例如：

   • 警察未及时出警导致未成年人遭受进一步侵害；
     
   • 检察官未依法提起附条件不起诉，导致未成年人被错误起诉。

总结：法院在未成年人司法保护中承担“最后一道防线”职责，需通过主动纠错、跨部门协作、特殊原则适用及监督追责，构建全方位保护体系。若您遇到具体案件中未成年人权益受损的情况，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。