建设工程司法鉴定单位进行鉴定，并不需要原告与被告双方都签字。以下是对这一问题的详细解释：

一、司法鉴定的启动与程序

在建设工程纠纷中，司法鉴定通常是由一方当事人申请，或者法院依职权决定启动的。一旦决定进行司法鉴定，法院会委托具有相应资质的司法鉴定单位进行鉴定。这个过程中，并不要求原告和被告双方都签字同意。

二、司法鉴定的独立性与客观性

司法鉴定单位作为独立的第三方机构，其职责是依据科学、客观、公正的原则，对鉴定事项进行专业分析并出具鉴定意见。这一过程中，鉴定单位需要保持其独立性和客观性，不受任何一方当事人的影响或干扰。因此，要求原告和被告双方都签字同意，并不符合司法鉴定的基本原则。

三、司法鉴定的法律效力

司法鉴定单位出具的鉴定意见，在法律上具有一定的证据效力。它通常会被法院作为认定案件事实的重要依据之一。然而，这并不意味着鉴定意见就是绝对不可推翻的。如果一方当事人对鉴定意见有异议，可以在法庭上提出，并申请重新鉴定或者补充鉴定。法院会根据具体情况，决定是否采纳当事人的异议，并作出相应的处理。

四、实际操作中的注意事项

虽然司法鉴定单位进行鉴定不需要原告和被告双方都签字，但在实际操作中，为了确保鉴定的顺利进行和鉴定意见的公正性，法院通常会要求双方当事人提供必要的鉴定材料，并配合鉴定单位的工作。如果一方当事人拒绝提供材料或者不配合鉴定工作，可能会影响鉴定的进程和结果，甚至可能承担不利的法律后果。

建议：在建设工程纠纷中，如果涉及到司法鉴定，双方当事人应该积极配合法院和鉴定单位的工作，提供必要的鉴定材料，并尊重鉴定单位的独立性和客观性。如果对鉴定意见有异议，可以在法庭上提出，并申请重新鉴定或者补充鉴定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。