在法院起诉离婚且原告第二次起诉的情况下，若想在开庭前明确平房归儿子所有，最佳的方式是通过签订一份合法有效的协议或者通过法院调解书、判决书来确认。 以下从不同角度为你详细分析：
一、签订协议的方式
协议内容：
- 双方（即夫妻双方）可以签订一份书面协议，明确约定平房归儿子所有。协议中应详细描述平房的具体信息（如地址、面积、产权证号等），并明确双方自愿将平房赠与儿子，且该赠与行为不可撤销。
- 协议中还可以约定其他相关事宜，如平房的后续管理、使用、收益等，以及如果一方违反协议应承担的责任。
协议效力：
- 签订的协议应符合《民法典》中关于赠与合同的规定，即赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。
- 协议一旦签订，即对双方具有法律约束力，双方应按照协议约定履行义务。如果一方违反协议，另一方可以依法追究其违约责任。
注意事项：
- 签订协议时，双方应确保具有完全民事行为能力，且协议内容是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。
- 如果平房涉及贷款或其他债务，双方应在协议中明确债务的处理方式，以免给儿子带来不必要的麻烦。
- 协议签订后，建议办理公证手续，以增强协议的证明力。虽然公证不是协议生效的必要条件，但公证后的协议在法律上具有更强的证据效力。
二、通过法院调解书或判决书确认
调解书：
- 在离婚诉讼过程中，双方可以在法院的主持下进行调解，并达成调解协议。调解协议中可以明确约定平房归儿子所有。
- 法院会根据调解协议制作调解书，调解书经双方签收后即具有法律效力，与判决书具有同等法律效力。
判决书：
- 如果双方无法达成调解协议，法院将依法进行审理并作出判决。在判决书中，法院可以根据双方的诉求和证据情况，判决平房归儿子所有。
- 判决书一旦生效，即具有强制执行力，双方必须履行判决书确定的义务。
注意事项：
- 无论是调解书还是判决书，都需要经过法院的审查和确认，确保其合法性和有效性。
- 如果对调解书或判决书的内容有异议，可以在法定期限内提出上诉或申请再审。
三、其他建议
- 咨询专业律师：在处理此类涉及财产分割和子女抚养的问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面的法律支持。
- 保留相关证据：在处理过程中，应保留好与平房相关的所有证据，如购房合同、产权证、贷款合同等。这些证据在后续的处理过程中可能会起到关键作用。
- 考虑子女的意愿：如果儿子已经具有一定民事行为能力，应考虑其意愿和利益。在决定平房归属时，可以与儿子进行沟通，了解其想法和需求。
最后需要强调的是，无论选择哪种方式，都应确保程序的合法性和有效性。如果操作不当，可能会给后续的处理带来不必要的麻烦和风险。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。