结论：在分批次减免协议中，若减免方违约导致合同不能继续履行，减免的款项是否需要归还，这主要取决于协议中的具体约定以及违约的具体情形。以下从不同角度进行分析：

1. 协议有明确约定：

   • 若协议中明确规定了减免方违约时，已减免的款项需要归还：那么在这种情况下，由于减免方已经违约，根据协议的约定，被减免方有权要求减免方归还已减免的款项。这是基于合同自治原则，即合同双方有权在协议中约定各自的权利和义务，一旦约定，双方均应遵守。
   • 若协议中明确规定了减免方违约时，已减免的款项无需归还或部分归还：那么应按照协议的约定执行。这同样体现了合同自治原则，双方应尊重并履行协议中的约定。

2. 协议无明确约定：

   • 若协议中未对减免方违约时已减免款项的归还问题作出明确约定：则需要根据《民法典》的相关规定以及合同的具体履行情况、违约方的过错程度、守约方的损失情况等因素进行综合判断。一般来说，如果减免方的违约行为导致了合同无法继续履行，且给被减免方造成了实际损失，那么被减免方有权要求减免方承担相应的赔偿责任，这可能包括要求归还部分或全部已减免的款项。但具体赔偿金额和方式需由法院或仲裁机构根据实际情况进行裁决。
   • 在无明确约定的情况下，还可以考虑公平原则：即根据双方的实际情况和过错程度，合理分配责任和损失。如果减免方的违约行为并非出于故意或重大过失，且被减免方也未因此遭受重大损失，那么可能不需要全额归还已减免的款项。

法律建议：

• 在签订分批次减免协议时，双方应明确约定减免方违约时已减免款项的归还问题，以避免后续纠纷。
• 若协议中未明确约定，且双方无法协商一致，建议及时咨询专业律师，通过法律途径解决纠纷。律师可以根据具体情况，结合相关法律法规和司法实践，为当事人提供专业的法律意见和解决方案。

可能后果：

• 若减免方违约且需要归还已减免的款项，可能会面临一定的经济压力。
• 若被减免方因减免方违约而遭受损失，有权要求减免方承担赔偿责任，这可能包括要求归还已减免的款项以及赔偿其他损失。

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