在保险合同中，若保险人是总公司，但保费实际支付给了分公司，诉讼时一般应起诉总公司，但根据具体情况也可能将分公司列为共同被告或第三人。以下是详细分析：

1. 合同相对性原则下的被告确定
   根据《民法典》第四百六十五条，合同相对性原则要求合同纠纷的诉讼主体应为签订合同的双方。若保险合同中明确载明保险人为总公司（如合同首页、保险单抬头、条款签署方均为总公司），则分公司收取保费的行为可能被认定为代理总公司履行合同义务。此时，诉讼对象应为总公司，分公司并非合同当事人，原则上不直接承担合同责任。

2. 分公司实际参与合同履行时的责任承担
   若分公司以自身名义参与合同履行（如出具保费收据、提供保险服务、处理理赔等），可能构成表见代理或债务加入。根据《民法典》第一百七十二条，若相对人（投保人）有理由相信分公司有代理权（如分公司持有总公司授权文件、长期以自身名义开展业务），总公司仍需承担合同责任，但分公司可能因存在过错（如未及时转交保费）被追加为共同被告或第三人，要求其承担补充责任或连带责任。

3. 分公司独立法人资格对诉讼的影响
   若分公司依法登记并取得营业执照（如银行、保险公司分支机构），根据《民法典》第七十四条，其可在总公司授权范围内以自己名义从事民事活动，产生的法律后果由总公司承担。但若分公司存在独立财产且足以清偿债务（如保险公司分公司通常有独立账户），法院可能根据《民事诉讼法》第五十一条，允许原告将分公司列为共同被告，要求其在财产范围内承担责任，不足部分由总公司补足。

实务建议：

• 起诉前需核查保险合同主体（重点看合同签署方、保险单抬头）、分公司授权文件、保费收据开具主体等证据，以确定合同相对方及实际履行方。
  
• 若证据显示分公司深度参与合同履行（如直接签发保单、处理理赔），建议将总公司与分公司列为共同被告，避免因主体遗漏导致诉讼风险。
  
• 若分公司仅代收保费且无其他履行行为，可仅起诉总公司，但需在诉状中说明分公司代收事实，以便法院查明资金流向。
  

如有进一步证据或具体案情，可直接向我咨询，我会结合细节提供更精准的诉讼策略。