结论：总承包公司让农工填的三级教育（即三级安全教育）和签订劳务合同在流程上并不冲突，二者可以同时进行，但需确保都符合相关法律法规的要求。以下从不同角度进行分析：

一、三级安全教育与劳务合同签订的法律基础

1. 三级安全教育：

   • 根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，施工单位（包括总承包公司）有义务对从业人员进行安全生产教育和培训，确保从业人员具备必要的安全生产知识，熟悉有关的安全生产规章制度和安全操作规程，掌握本岗位的安全操作技能。三级安全教育（公司级、项目级、班组级）是施工单位履行这一义务的重要方式。

2. 劳务合同签订：

   • 劳务合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。劳务合同的签订是确立双方劳动关系、保障劳动者权益的重要步骤。

二、三级安全教育与劳务合同签订的同时进行性

1. 流程上不冲突：

   • 三级安全教育和劳务合同签订在流程上并不相互排斥或依赖。三级安全教育是施工单位对从业人员进行的安全生产教育和培训，而劳务合同签订是确立双方劳动关系的法律行为。二者可以同时进行，即农工在接受三级安全教育的同时，也可以与总承包公司签订劳务合同。

2. 实际操作中的注意事项：

   • 确保教育质量：虽然三级安全教育和劳务合同签订可以同时进行，但总承包公司应确保三级安全教育的质量，不得因急于签订劳务合同而忽视或简化安全教育内容。
   • 合同条款明确：在签订劳务合同时，应明确双方的权利和义务，包括工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬、社会保险等条款，以保障农工的合法权益。
   • 遵守法律法规：总承包公司在进行三级安全教育和签订劳务合同时，应严格遵守相关法律法规的规定，不得违反法律法规的强制性规定。

三、可能存在的法律后果

1. 若未进行三级安全教育：

   • 如果总承包公司未对农工进行三级安全教育或教育不到位，导致农工在施工过程中发生安全事故的，总承包公司可能承担相应的法律责任，包括行政处罚、民事赔偿等。

2. 若未签订劳务合同：

   • 如果总承包公司未与农工签订劳务合同或签订的劳务合同存在违法条款的，农工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼等法律程序来维护自己的合法权益。同时，总承包公司也可能面临劳动监察部门的处罚。

建议：总承包公司在让农工填三级教育的同时，可以与其签订劳务合同，但应确保三级安全教育的质量和劳务合同的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。