区政府与公司签订协议出让国有土地，在符合法定条件和程序的情况下是有效的。以下从多个角度进行分析：
一、法律依据与有效性条件
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第八条：“土地使用权出让，是指国家将国有土地使用权（以下简称土地使用权）在一定年限内出让给土地使用者，由土地使用者向国家支付土地使用权出让金的行为”。同时，该法第十二条规定：“土地使用权出让，由市、县人民政府有计划、有步骤地进行。出让的每幅地块、用途、年限和其他条件，由市、县人民政府土地管理部门会同城市规划、建设、房产管理部门共同拟定方案，按照国务院规定，报经有批准权的人民政府批准后，由市、县人民政府土地管理部门实施”。
有效性条件：
- 主体适格：出让方必须是市、县人民政府，而非其他级别的政府或部门。区政府作为市政府的派出机构，在特定情况下（如得到市政府的明确授权）可以代表市政府进行土地出让，但需确保授权的合法性和明确性。
- 程序合法：土地出让必须遵循法定的程序，包括拟定出让方案、报经批准、实施出让等步骤。任何违反法定程序的行为都可能导致出让协议的无效。
- 内容合法：出让协议的内容必须符合法律法规的规定，包括出让土地的用途、年限、出让金等条款。任何违反法律法规强制性规定的条款都将被视为无效。
二、可能影响协议有效性的因素
- 未经批准或越权批准：如果区政府未经上级政府批准或越权批准进行土地出让，那么该出让协议可能因违反法定程序而无效。
- 出让土地用途变更：如果出让土地的用途在出让后发生变更，且未经相关部门批准，那么该变更可能构成违约行为，但不一定直接导致整个出让协议的无效。然而，如果变更后的用途违反了法律法规的强制性规定，那么该协议可能因此无效。
- 出让金支付问题：如果公司未按照协议约定支付出让金，那么区政府有权要求公司履行支付义务。如果公司长期拖欠或拒不支付，区政府可以依法解除协议并要求公司承担违约责任。但这并不直接导致出让协议的无效，而是协议解除后的法律后果。
三、法律建议
- 核实区政府出让土地的合法性：在签订协议前，公司应核实区政府是否具有出让该土地的合法权限，以及出让程序是否合法合规。
- 仔细审查协议条款：公司应仔细审查协议中的各项条款，确保内容合法合规，并明确双方的权利义务关系。
- 及时咨询专业律师：在签订协议前或遇到法律纠纷时，公司应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
若您在国有土地出让方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。我将根据您的具体情况提供全面、专业的法律服务。