工业厂房违规改造成商业用途，主要由城市规划管理部门（通常为自然资源与规划局）和城市管理综合行政执法部门（或城管部门）负责监管与处理。以下从不同角度详细分析：
一、城市规划管理部门的职责
规划审批与监管：
- 城市规划管理部门负责城市规划的编制、审批和实施监管。工业厂房的用途变更，尤其是从工业用途变更为商业用途，通常需要经过规划部门的审批。
- 若未经审批擅自改变用途，规划部门有权进行查处，并要求恢复原状或补办相关手续。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，任何单位和个人都应当遵守经依法批准并公布的城乡规划，服从规划管理。未经批准擅自改变建筑物用途的，属于违法行为。
二、城市管理综合行政执法部门的职责
执法查处：
- 城市管理综合行政执法部门（或城管部门）负责城市管理方面的行政执法工作，包括查处违法建设、擅自改变建筑物用途等行为。
- 对于工业厂房违规改造成商业用途的情况，城管部门有权进行查处，并依法采取罚款、责令恢复原状等措施。
执法依据：
- 城管部门的执法依据主要包括《中华人民共和国城乡规划法》、《城市管理执法办法》等相关法律法规。
三、其他相关部门的可能介入
消防部门：
- 如果工业厂房改造成商业用途后，存在消防安全隐患，消防部门有权进行查处，并要求整改。
环保部门：
- 若改造后的商业用途涉及环境污染问题，环保部门也有权进行监管和查处。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 违规改变工业厂房用途可能面临罚款、责令恢复原状、强制拆除等法律后果。
- 若因违规改造导致安全事故或环境污染等严重后果，还可能承担刑事责任。
建议：
- 在进行工业厂房改造前，应先咨询当地规划部门，了解相关规划和审批要求。
- 若确实需要改变用途，应依法办理相关手续，确保改造合法合规。
- 若已违规改造，应尽快与相关部门沟通，寻求解决方案，避免法律后果的进一步恶化。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。