结论前置：经理辞职后，原由其担任的法人代表职务需根据公司章程规定或股东会决议进行变更，通常需办理工商变更登记手续。以下是具体分析：

1. 法人代表变更的法律依据
   根据《公司法》第十三条，公司法定代表人依照公司章程的规定，由董事长、执行董事或者经理担任，并依法登记。若担任法人代表的经理辞职，其法人代表身份不会自动解除，需通过法定程序变更。变更方式包括：

   • 修改公司章程：若章程规定法人代表由经理担任，经理辞职后需召开股东会修改章程，重新指定法定代表人（如董事长、新任经理等）；
     
   • 股东会决议：若章程未明确规定，可直接通过股东会决议选举新法定代表人，并办理工商变更登记。

2. 变更流程与注意事项

   • 内部决策：公司需召开股东会或董事会（依章程规定），形成变更法定代表人的决议；
     
   • 工商登记：自决议作出之日起30日内，向公司登记机关申请变更登记，提交新任法定代表人的任职文件、身份证明等材料；
     
   • 印章与账户变更：同步变更公司公章、银行账户预留印鉴等，避免后续经营风险。
     提示：若未及时变更，原经理可能因“名义法定代表人”身份承担法律责任（如公司债务纠纷），公司也可能因登记信息与实际不符面临行政处罚。

3. 特殊情形处理

   • 原经理拒不配合：公司可凭股东会决议、章程修正案等文件，单独向工商部门申请变更，无需原法人代表签字；
     
   • 公司陷入僵局：若股东会无法形成有效决议（如股权僵局），可依据《公司法》第一百八十二条申请法院解散公司，或通过股权转让、强制收购等方式打破僵局。

建议：若您公司面临此类问题，建议优先通过内部协商或股东会决议完成变更；若存在争议，可进一步向我咨询具体操作方案及风险防范措施。