针对您提出的“使用已注销的运输证申请超限运输怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，道路运输证是合法从事道路运输经营活动的必要资质。一旦道路运输证被注销，经营者即失去了合法经营的资格。若此时仍使用已注销的运输证去申请超限运输，这一行为本质上属于非法营运的范畴，将面临交通运输主管部门的严厉处罚。

具体来说，处罚措施可能包括以下几个方面：

1. 责令停止经营：

   • 县级以上地方人民政府交通运输主管部门有权责令非法营运者立即停止经营活动。这是为了维护道路运输市场的正常秩序和公共安全，防止因非法营运而引发的各种风险和问题。

2. 罚款：

   • 罚款的数额将根据违法所得的多少来决定。若未取得道路运输经营许可（在此情况下即使用已注销的运输证），擅自从事道路运输经营且违法所得超过一定数额的，将没收违法所得，并处以违法所得一定倍数的罚款。具体倍数和罚款数额会根据运输类型（如普通货物运输、客运、危险货物运输）和违法情节的严重程度而有所不同。
   • 例如，若擅自从事道路普通货物运输经营且违法所得超过1万元的，没收违法所得，处违法所得1倍以上5倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足1万元的，处3000元以上1万元以下的罚款，情节严重的，处1万元以上5万元以下的罚款。对于客运和危险货物运输，处罚会更重。

3. 追究刑事责任：

   • 如果非法营运行为构成犯罪，如涉及严重的安全事故或造成重大经济损失等，还将依法追究相关责任人的刑事责任。这是为了对严重违法行为进行更严厉的惩处，以维护社会的公共利益和安全。

此外，我还想提醒您的是，不同运输类型的考量也会影响处罚的严重程度。例如，客运方面由于关乎众多乘客的生命安全和出行权益，处罚往往更为严厉；而货运方面若运输的是危险货物，由于存在更高的安全风险，处罚也会相应加重。

建议与警示： 为了避免不必要的法律风险和经济损失，我建议您在道路运输证注销后及时停止营运活动，并按照规定程序重新办理相关手续。继续从事道路运输活动不仅可能面临严厉的行政处罚，还可能对自身的经营和声誉造成严重影响。因此，请务必严格遵守相关法律法规，确保自身经营活动的合法性和安全性。

综上所述，使用已注销的运输证申请超限运输是非法行为，将面临交通运输主管部门的严厉处罚。请您务必提高法律意识，遵守相关规定。