针对您提出的“未办理超限运输证怎么处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》（中华人民共和国交通运输部令2016年第62号）的相关规定，超限运输车辆在行驶公路前，应当依法办理有关许可手续，并采取有效措施后，按照指定的时间、路线、速度行驶。若未经许可擅自行驶公路，将面临相应的处罚。

对于未办理超限运输证而擅自超限运输的行为，处罚措施主要包括罚款和可能的车辆扣留。具体来说：

1. 罚款：

   • 根据超限运输的严重程度，罚款金额会有所不同。一般来说，超限部分每吨可能会被处以一定金额的罚款，例如您提到的超1吨500元的标准，但最高罚款金额可能达到3万元（具体标准可能因地区和具体法规而有所差异）。
   • 同时，如果超限运输行为还违反了《道路交通安全法》的相关规定，如超载等，还可能面临该法规定的罚款，如最多罚2000元，并可能被扣6分。

2. 车辆扣留：

   • 根据《公路安全保护条例》的相关规定，未随车携带超限运输车辆通行证的，公路管理机构有权扣留车辆，并责令车辆驾驶人提供超限运输车辆通行证或者相应的证明。
   • 如果车辆驾驶人无法提供有效证明，车辆可能会被继续扣留，直至问题得到解决。

此外，对于您提到的“并非恶意超限的服务重大工程建设的大件运输车”是否适用相关处罚规定的问题，一般来说，法规的适用并不区分运输目的或车辆类型，而是基于超限运输行为本身。然而，在实际执法过程中，执法部门可能会根据具体情况进行酌情处理，如考虑运输的紧迫性、对公共安全的影响等因素。

如果您对所受到的处理存在异议，建议您依照相应法律、法规通过诉讼、仲裁、行政复议等法定途径解决。这些途径可以为您提供一个公正、透明的平台，以维护您的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。