事业单位与员工约定服务期协议，在符合法定条件的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
法律依据与合法性条件
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。这一规定同样适用于事业单位与其员工之间的关系。因此，事业单位在为员工提供专项培训费用，并进行专业技术培训的情况下，与员工约定服务期协议是合法的。
合法性要件
培训费用的专项性：事业单位必须为员工提供了专项的培训费用，这些费用应当是专门用于员工培训的，而非日常运营或一般性开支。
培训的专业性：培训内容应当是专业技术培训，旨在提升员工的专业技能或知识水平，而非一般的入职培训或岗位适应性培训。
协议的合理性：服务期协议的内容应当合理，包括服务期的长度、违约责任等条款，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平。
违法情况及后果
如果事业单位在未提供专项培训费用或未进行专业技术培训的情况下，与员工约定服务期协议，或者协议内容违反法律法规的强制性规定或显失公平，那么该协议可能被认定为无效。员工有权拒绝履行无效的服务期协议，且无需承担违约责任。
实际操作建议
明确培训内容与费用：事业单位在与员工约定服务期协议前，应明确培训的具体内容、费用以及培训后的服务期等条款，确保协议的合法性和合理性。
签订书面协议：服务期协议应当以书面形式签订，并明确双方的权利和义务，以避免未来可能出现的纠纷。
遵守法律法规：事业单位在约定服务期协议时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保协议内容不违反法律法规的强制性规定或显失公平。
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