因不可抗力损毁的工程，在工程结算时是否计取，需根据具体情况和合同约定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定的情况：

   • 如果建设工程合同中明确规定了因不可抗力导致工程损毁时的结算方式，包括是否计取、如何计取等，那么双方应严格按照合同约定执行。这是合同自由原则的体现，也是减少纠纷的有效方式。

2. 合同无明确约定的情况：

   • 依据法律规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。但法律另有规定的，依照其规定。在建设工程领域，如果因不可抗力导致工程损毁，且合同中没有明确约定结算方式，那么双方可以依据法律规定，协商确定结算方式。
   • 考虑实际损失与公平原则：在协商过程中，应充分考虑因不可抗力导致的实际损失，以及双方的过错程度、风险承担能力等因素，遵循公平原则，合理确定结算金额。例如，如果损毁部分工程已经投入了大量的人力、物力和财力，且这些投入是合理的、必要的，那么在结算时可以考虑计取相应的费用。
   • 参考行业惯例与类似案例：在缺乏明确合同约定和法律规定的情况下，还可以参考行业惯例和类似案例的处理方式。这有助于双方形成共识，减少争议。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果损毁部分工程可以修复：且修复费用合理、经济，那么双方可以协商修复并计取修复费用。这种情况下，结算金额可能包括原工程费用、修复费用以及因修复导致的其他相关费用。
   • 如果损毁部分工程无法修复或修复不经济：那么双方可能需要协商确定一个合理的结算金额，以补偿因不可抗力导致的损失。这个金额可能低于原工程费用，但应确保双方的利益得到合理平衡。

法律建议：

• 在签订建设工程合同时，建议双方明确约定因不可抗力导致工程损毁时的结算方式，以减少后续纠纷。
• 在发生不可抗力事件后，双方应及时沟通、协商，共同确定合理的结算金额。如果协商不成，可以寻求第三方调解或仲裁、诉讼等法律途径解决争议。

可能后果：

• 如果双方无法就结算金额达成一致，且没有明确的合同约定或法律规定作为依据，那么可能面临长期的法律纠纷和诉讼风险。这不仅会耗费双方大量的时间和精力，还可能对双方的商业信誉和合作关系造成负面影响。

因此，在处理因不可抗力损毁的工程结算问题时，建议双方保持冷静、理性，遵循法律规定和合同约定，通过协商、调解等方式妥善解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。