因不可抗力导致的在建工程损毁，通常由发包人承担工程本身的损害责任及相关费用，承包人则负责自身机械设备的损失以及停工产生的经济损失。具体分析如下：

一. 合同约定优先原则

• 在建筑工程合同中，如双方已就不可抗力情况下的责任分担、损失赔偿等作出明确约定，且不违反法律法规的强制性规定，则应严格按照合同约定执行。这是处理不可抗力损失的基本原则。

二. 无约定或约定不明确时的责任划分

1. 工程本身的损害：

   • 承担方：发包人。因为工程及其所用材料、待安装设备的最终权益归属发包人，故因不可抗力导致的工程本身损害，如建筑物倒塌、设备损坏等，由发包人承担较为合理。

2. 承包人的损失：

   • 施工机械设备损坏及停工损失：由承包人承担。施工机械设备属承包人所有并控制，因此其损坏及停工损失由承包人自行承担。
   • 管理人员及保卫人员费用：若发包人要求承包人留驻施工场地进行必要的管理工作或护卫职责，则由此引发的管理人员及保卫人员的工资成本由发包人负担。

3. 清理、修复费用：

   • 承担方：发包人。清理、修复工作是为了实现工程最终目的，且工程权益归属发包人，因此相关费用由发包人承担。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十条，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。同时，该法第一百八十一条也规定了因正当防卫造成损害的不承担民事责任的情况，但此条与不可抗力损失承担无直接关联。
• 《中华人民共和国民法典》第五百九十条进一步明确了当事人一方因不可抗力不能履行合同的，根据不可抗力的影响，部分或者全部免除责任，并规定了及时通知对方和提供证明的义务。

综上所述，在建工程因不可抗力损毁时，发包人通常承担工程本身的损害责任及相关费用，而承包人则负责自身机械设备的损失以及停工产生的经济损失。这一结论是基于合同约定优先原则、无约定或约定不明确时的责任划分原则以及相关法律法规的综合分析得出的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。