民间借贷案件经法院调解后，并非还完款就自动结束，还需完成一系列法律程序来确认案件的终结。以下从不同角度为你详细分析：

调解协议履行完毕后的常规流程

1. 确认还款情况：在民间借贷案件中，当双方当事人经法院调解达成协议后，债务人需按照调解协议约定的期限和方式履行还款义务。一旦债务人还清全部款项，债权人应当出具收款确认书或者收条，以证明债务人已经履行完毕还款义务。这是确认案件终结的重要一步，但并非全部流程。

2. 法院出具结案文书：在债务人履行完还款义务后，债权人或债务人可以向法院申请出具结案文书，如《民事调解书》的履行完毕证明或者结案通知书。这一步骤是法律程序上的必要环节，它标志着案件在法律意义上的正式终结。法院在审核确认双方无争议且债务人已履行完毕还款义务后，会出具相应的结案文书。

特殊情况下的处理

1. 调解协议部分履行或未履行：如果债务人只履行了部分还款义务，或者未按照调解协议约定的期限和方式履行还款义务，那么案件并不会自动结束。债权人有权向法院申请强制执行，要求债务人继续履行还款义务。在这种情况下，案件会进入执行阶段，直到债务人完全履行完毕还款义务或者法院裁定终结执行程序。

2. 调解协议存在争议：如果双方在调解协议履行过程中产生争议，比如对还款金额、还款期限等条款的理解存在分歧，那么案件也可能不会自动结束。此时，双方可以协商解决争议，或者向法院申请对调解协议进行解释或变更。如果协商不成或者法院无法对调解协议进行解释或变更，那么案件可能会重新进入诉讼程序进行审理。

法律建议

• 保留好还款证据：作为债务人，在履行还款义务时，务必保留好相关的还款证据，如银行转账记录、收条等。这些证据在后续可能出现的争议中将成为证明你已履行还款义务的重要依据。
• 及时申请结案文书：在履行完还款义务后，及时向法院申请出具结案文书。这不仅是对你履行义务的官方确认，也是你后续可能需要的法律文件。
• 遇到争议及时咨询：如果在调解协议履行过程中遇到任何争议或问题，不要拖延或自行解决，及时咨询专业律师或向法院寻求帮助。

总之，民间借贷案件经法院调解后，并非还完款就自动结束。你需要完成一系列法律程序来确认案件的终结。如果你在这个过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。