农村宅基地纠纷的解决，需结合产权证与协议的具体情况综合判断，不能简单以单一依据为准。具体分析如下：

1. 产权证的法律效力
   根据《民法典》及《土地管理法》，宅基地使用权以登记发证为确认依据。若产权证（即《集体土地使用证》或《不动产权证书》）登记信息清晰、权属明确，且无相反证据推翻，其法律效力优先。例如：

   • 产权证登记人为A，但B主张通过协议取得使用权，若协议未办理变更登记，B的诉求可能因缺乏物权公示效力而难以支持。
     
   • 若产权证存在登记错误（如面积、四至与实际不符），需通过行政复议或诉讼程序更正，而非直接以协议否定产权证。

2. 协议的效力与适用场景
   协议的效力需分情况讨论：

   • 内部协议：若宅基地使用权人（如户主）与家庭成员或同村村民签订分家协议、转让协议，且协议内容不违反法律强制性规定（如禁止向非本集体经济组织成员转让），协议在当事人之间具有合同效力。但未办理变更登记的，不得对抗善意第三人。
     
   • 外部协议：若协议涉及向城镇居民转让宅基地使用权，因违反《土地管理法》“一户一宅”及“宅基地使用权不得单独转让”的规定，协议可能被认定无效。
     
   • 协议与产权证冲突：若协议签订时间早于产权证颁发，且协议内容合法，可能作为权属来源的辅助证据；若协议签订于产权证之后，需审查是否存在恶意串通损害他人利益的情形。

3. 实务处理原则

   • 优先审查产权证：法院或行政机关在纠纷处理中，通常以产权证作为权属确认的基础，但会结合协议签订背景、履行情况（如是否支付对价、实际占有使用）综合判断。
     
   • 协议补充作用：若产权证登记信息模糊或存在历史遗留问题（如未及时换证），协议可能成为划分权属的重要依据，但需其他证据（如村委会证明、邻居证言）佐证。
     
   • 特殊情形：若宅基地因征收、继承等导致权属变动，需结合具体法律关系（如继承法、征收补偿条例）与协议内容综合处理。

建议：若您涉及宅基地纠纷，需准备产权证原件、协议文本、付款凭证、占有使用证据（如水电费缴纳记录）等材料，以便从物权公示与合同履行双角度维护权益。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合地方政策与司法实践为您分析。