农村宅基地双方协议有异议，确实可以通过打官司来解决纠纷。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、可以打官司的情形
权属争议：
- 当双方对宅基地的所有权或使用权存在争议，且无法通过协商达成一致时，可以向法院提起诉讼。
- 法院将依据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律规定，结合双方提供的证据材料，来确定宅基地的权属。
协议履行争议：
- 如果双方已经签订了关于宅基地的协议，但一方认为另一方未按照协议履行义务，如未按时支付款项、未按照约定使用宅基地等，受损方有权通过诉讼要求对方履行协议或承担违约责任。
侵权纠纷：
- 若一方认为另一方侵犯了自己的宅基地权益，如未经允许在其宅基地上建房、堆放物品等，权益受损方有权通过诉讼要求侵权方停止侵权行为、排除妨碍，并可能获得赔偿。
二、诉讼前的准备与注意事项
收集证据：
- 打官司的关键在于证据。因此，在提起诉讼前，应尽可能收集所有能证明自己主张的证据材料，包括但不限于宅基地使用证、建房审批文件、土地台账记录、现场照片、证人证言、双方签订的协议等。
明确诉讼请求：
- 在起诉前，需明确自己的诉讼请求，即希望通过诉讼达到的具体目的，如确认宅基地使用权归属、要求对方履行协议、要求拆除违规建筑、要求赔偿损失等。
选择管辖法院：
- 根据《民事诉讼法》的相关规定，宅基地纠纷案件一般由宅基地所在地的基层人民法院管辖。因此，在选择起诉法院时，应确保选择正确的管辖法院。
尝试非诉讼途径：
- 在打官司之前，也可以考虑通过协商、调解等非诉讼途径解决纠纷。这些方式往往更加高效、便捷，且有助于维护邻里关系。若这些方式无法解决纠纷，再考虑通过诉讼解决。
三、法律后果与风险提示
诉讼风险：
- 诉讼存在不确定性，即使你认为自己的主张有理有据，也可能因为证据不足、法律适用错误等原因而败诉。因此，在提起诉讼前，应充分评估诉讼风险。
执行风险：
- 即使胜诉，如果对方不履行判决或裁定，还需要通过执行程序来强制对方履行。执行程序也可能面临各种困难，如对方无财产可供执行等。
邻里关系影响：
- 诉讼往往会导致双方关系紧张，甚至破裂。因此，在决定是否通过诉讼解决纠纷时，应充分考虑对邻里关系的影响。
四、建议与总结
- 建议：在处理农村宅基地纠纷时，应首先尝试通过协商、调解等非诉讼途径解决。如果无法解决，再考虑通过诉讼途径维护自己的权益。在提起诉讼前，应做好充分的准备工作，包括收集证据、明确诉讼请求、选择管辖法院等。
- 总结：农村宅基地双方协议有异议时，可以通过打官司来解决纠纷。但诉讼存在风险，应谨慎选择。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见和诉讼策略。