在股东起诉公司要求查账的案件中，被告应当是公司，而非公司的法定代表人（法人）。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律关系主体
股东：作为公司的出资人，股东享有对公司经营管理的知情权，包括查阅公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告等。这是股东的基本权利之一，旨在保障股东能够充分了解公司的经营状况，从而做出合理的投资决策。
公司：作为独立的法人实体，公司具有独立的法律地位和财产权。股东与公司之间通过股权关系相连接，但股东并不直接参与公司的日常经营管理（除非担任公司董事、监事或高级管理人员等职务）。当股东认为其知情权受到侵害时，有权向公司提起诉讼，要求行使查阅权。
法定代表人（法人）：公司的法定代表人是指依法代表公司行使民事权利、履行民事义务的主要负责人。虽然法定代表人在公司对外活动中代表公司行事，但其个人并不承担公司债务或法律责任（除非存在个人过错或违法行为）。在股东起诉公司要求查账的案件中，法定代表人并非诉讼的直接对象。
二、诉讼程序与实体权利
诉讼程序：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，股东起诉公司要求查账，应当以公司为被告，向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，公司作为被告，有权进行答辩和举证，以维护其合法权益。
实体权利：股东行使查阅权时，应当遵守法律、行政法规和公司章程的规定。公司也有权根据自身的经营情况和保密需要，对股东的查阅请求进行合理的限制。如果公司拒绝股东的查阅请求，股东可以通过诉讼途径寻求救济。但在此过程中，股东应当明确诉讼对象为公司，而非公司的法定代表人。
三、可能存在的误区与澄清
误区：有些股东可能会误认为，由于公司的法定代表人代表公司行事，因此可以直接起诉法定代表人要求查账。这种理解是错误的。因为法定代表人只是公司的代表，其个人并不承担公司的债务或法律责任。股东要求查账的权利是针对公司的，而非针对法定代表人的个人行为。
澄清：在股东起诉公司要求查账的案件中，如果股东同时认为公司的法定代表人存在违法行为或过错，导致股东知情权受到侵害，股东可以在起诉公司的同时，要求追究法定代表人的个人责任。但这需要股东提供充分的证据证明法定代表人的违法行为或过错，并且这种请求与查账请求是两个独立的诉讼请求，需要分别进行主张和证明。
总结来说，在股东起诉公司要求查账的案件中，被告应当是公司而非公司的法定代表人。股东应当明确诉讼对象，遵守法律程序和实体权利的规定，以维护自身的合法权益。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。