针对您提出的“员工已有健康证，企业还要求体检是否合法”的问题，这主要取决于员工所从事的工作性质以及相关法律法规的具体要求。以下我将从两个方面进行详细解答：

一、食品从业人员健康检查要求

如果员工从事的是接触直接入口食品的工作，那么根据《广东省市场监督管理局关于广东省食品从业人员健康检查的管理办法》等相关规定，员工不仅需要持有有效的健康证明（健康证），而且企业还有责任确保员工每年进行健康检查，并取得新的健康证明后方可继续上岗。这是因为食品从业人员的健康状况直接关系到食品安全，因此企业要求员工进行体检是合法且必要的。

二、职业病危害作业人员的健康检查要求

如果员工从事的是接触职业病危害因素的作业，如接触有毒有害物质、高温、噪声等，那么根据《中华人民共和国职业病防治法》的规定，企业必须按照国务院卫生行政部门的规定组织员工进行上岗前、在岗期间和离岗时的职业健康检查。这种体检与一般的健康体检不同，它更侧重于筛查职业病、疑似职业病以及职业禁忌症。因此，即使员工已经持有健康证，如果其从事的是接触职业病危害因素的作业，企业要求其进行职业健康检查也是合法且必要的。

总结与建议

1. 确认工作性质：首先，您需要确认员工所从事的工作是否涉及接触直接入口食品或职业病危害因素。
2. 了解相关法律法规：根据工作性质，查阅并了解相关的法律法规，如《中华人民共和国食品安全法》、《中华人民共和国职业病防治法》等，以明确企业的责任和义务。
3. 沟通与解释：如果员工对企业的体检要求存在疑问或不满，建议企业与员工进行沟通，解释体检的必要性和法律法规的依据，以消除员工的顾虑。
4. 合理安排体检：企业应根据法律法规的要求和员工的实际情况，合理安排体检时间和项目，确保体检的顺利进行和结果的准确性。

综上所述，企业要求员工进行体检是否合法，主要取决于员工所从事的工作性质以及相关法律法规的具体要求。如果员工从事的是接触直接入口食品或职业病危害因素的作业，那么企业要求其进行体检是合法且必要的。