结论前置：是否撤诉需根据工资发放情况与申诉诉求的匹配度来决定，具体分为以下两种情况：

1. 若发放工资与申诉诉求完全一致：建议撤诉。
   根据《个人所得税法》及实施条例，个税申诉的核心目的是纠正税务机关或扣缴义务人的错误征税行为（如多扣税款、错误计税基数等）。若用人单位已按申诉诉求补发工资（如补发被少计的工资部分），且个税计算基数、税率、税额均与申诉主张一致，说明税务争议已实质解决。此时撤诉可避免后续行政程序（如税务稽查、行政复议）的耗时耗力，同时降低用人单位因持续争议产生负面记录的风险。
   操作建议：通过个税APP或税务机关窗口提交撤诉申请，并留存工资发放凭证（如银行流水、工资条）作为证据，以备后续核查。

2. 若发放工资与申诉诉求存在差异：不建议撤诉，需进一步维权。
   差异可能包括三种情形：

• 工资数额不符：如申诉主张补发5000元，但实际仅补发3000元，可能存在用人单位未全额履行或税务机关未正确调整计税基数；
  
• 计税方式错误：如申诉主张按“综合所得”计税，但税务机关仍按“偶然所得”计税，导致税额虚高；
  
• 程序瑕疵：如用人单位未在补发工资时同步更正个税申报记录，导致税务系统仍显示错误数据。
  法律依据：根据《税收征收管理法》第五十一条，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可要求退还。若争议未解决，撤诉可能丧失主张权利的法律依据。
  操作建议：
  
• 第一步：要求用人单位出具书面说明，明确补发工资的计算依据及个税调整情况；
  
• 第二步：向税务机关提交《税务行政复议申请书》或《税务行政诉讼起诉状》，附工资发放凭证、申诉记录等证据；
  
• 第三步：若涉及金额较大或程序复杂，可同步向劳动监察部门投诉用人单位未依法履行工资支付义务。

补充提醒：个税申诉与工资发放是两个独立但关联的法律关系。申诉解决的是“税款计算是否正确”，工资发放解决的是“劳动报酬是否足额支付”。即使工资已发放，若个税计算仍存在错误，仍需通过申诉或行政程序纠正，否则可能影响个人征信（如欠税记录）或未来退税权益。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细方案。