在探讨确认劳动关系不适用时效的案例时，我们可以从两个具体案例来深入理解这一法律原则。

首先，我们来看第一个案例：“与总公司签订劳动合同，分公司被撤时辞退决定无效”。在这个案例中，钟逸凡与总公司签订了劳动合同，并被安排到分公司工作。后来，分公司因经营不善被撤销，公司试图通过分公司发出的告知函来解除与钟逸凡的劳动关系。然而，法院认为，分公司并非用人单位，即使其得到公司授权发出解除劳动合同的通知，也不能当然地认为公司与钟逸凡之间的劳动关系自动解除。特别是，钟逸凡一直未收到明确的解除劳动合同通知，且公司仍在为其缴纳医疗保险、报销医疗费和差旅费，这表明双方之间的劳动关系一直存续。最终，法院判决双方劳动关系继续存在，这体现了确认劳动关系并不受仲裁时效限制的原则，因为劳动关系的确认是基于事实状态，而非基于权利被侵害后的时间计算。

接下来，我们分析第二个案例：“双倍工资非劳动报酬，不适用特殊仲裁时效”。虽然这个案例主要讨论的是双倍工资的仲裁时效问题，但它也间接涉及了劳动关系确认与仲裁时效的关系。在这个案例中，张某与某餐饮公司未签订书面劳动合同，后来张某提出仲裁申请要求支付双倍工资。仲裁委认为，双倍工资并非劳动报酬，而是对用人单位未与劳动者签订书面劳动合同的惩罚，因此不适用劳动争议调解仲裁法中关于劳动报酬争议申请仲裁的特殊时效规定。虽然这个案例主要聚焦于双倍工资的时效问题，但它也说明了在劳动关系确认的语境下，我们关注的是劳动关系的实际状态，而非基于某种特定权益（如劳动报酬）的侵害时间来计算时效。更重要的是，它隐含了确认劳动关系本身（而非基于劳动关系产生的特定权益）通常不受仲裁时效限制的原则，因为劳动关系的存在是一个持续的事实状态，而非一个可以因时间流逝而消灭的权利。

综合两个案例，我们可以得出以下结论：

确认劳动关系通常不适用仲裁时效的限制。劳动关系的确认是基于双方之间的实际用工事实，这种事实状态的存在与否并不因时间的流逝而改变。在第一个案例中，尽管公司试图通过分公司发出的通知来解除劳动关系，但法院仍然根据实际用工事实和双方之间的持续互动（如医疗保险缴纳、费用报销等）来确认劳动关系的存续。在第二个案例中，虽然讨论的是双倍工资的时效问题，但它也间接支持了确认劳动关系不受仲裁时效限制的原则，因为双倍工资的请求是基于未签订劳动合同这一事实，而劳动关系的确认则是基于更广泛的用工事实。

因此，在处理类似案件时，我们应重点关注双方之间的实际用工事实，以及这些事实如何证明劳动关系的存在或解除，而不是过分依赖仲裁时效的规定。