劳务派遣工资由用工单位直接发放一般是不合法的，但存在特殊约定的情况除外。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条：
- 劳务派遣单位是用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，包括支付劳动报酬。
- 劳务派遣单位与被派遣劳动者订立的劳动合同，应明确载明被派遣劳动者的用工单位、派遣期限、工作岗位等，并应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬。
《中华人民共和国劳动合同法》第六十条：
- 劳务派遣单位不得克扣用工单位按照劳务派遣协议支付给被派遣劳动者的劳动报酬。
- 这意味着，用工单位应将劳动报酬支付给劳务派遣单位，再由劳务派遣单位支付给劳动者，除非双方有特别约定。
《劳务派遣暂行规定》第八条：
- 劳务派遣单位应当按照国家规定和劳务派遣协议约定，依法支付被派遣劳动者的劳动报酬和相关待遇。
二、实际操作与特殊情况
一般情况：
- 在大多数情况下，劳务派遣员工的工资应由劳务派遣单位发放。这是劳务派遣单位作为用人单位的基本义务。
特殊情况：
- 如果劳务派遣单位与用工单位在劳务派遣协议中明确约定，由用工单位直接向劳动者发放工资，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法可能是合法的。但这种情况较为少见，且需要严格的协议约定和监管。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果劳务派遣单位未按照法律规定或协议约定支付劳动报酬，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求劳务派遣单位支付拖欠的工资，并可能要求支付赔偿金。
- 如果用工单位直接发放工资但未按照约定或法律规定进行，也可能面临法律责任，如被要求补足工资差额或支付赔偿金。
建议：
- 对于劳动者来说，应仔细阅读劳动合同和劳务派遣协议，了解自己的工资支付方式和权益。
- 如果发现工资支付存在问题，应及时与劳务派遣单位或用工单位沟通，并保留相关证据以便维权。
- 对于劳务派遣单位和用工单位来说，应严格遵守法律法规和协议约定，确保劳动者的合法权益得到保障。
举例说明：假设小张被一家劳务派遣公司派遣到一家制造企业工作。根据劳动合同和劳务派遣协议的约定，小张的工资应由劳务派遣公司发放。然而，在实际操作中，制造企业直接向小张发放了工资。如果这种做法没有得到劳务派遣公司的明确同意，并且违反了相关法律法规或协议约定，那么这种做法就是不合法的。小张有权要求劳务派遣公司支付其应得的工资，并可能要求支付赔偿金。
总结来说，劳务派遣工资一般应由劳务派遣单位发放，除非双方有特别约定且不违反法律法规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。