一次性补偿协议在符合法律规定的情况下是具有法律效力的，且如果因该协议产生争议，是可以申请劳动仲裁的。以下是对这一问题的详细分析：
一次性补偿协议的法律效力
协议内容合法性：一次性补偿协议，通常是在劳动关系解除或终止时，用人单位与劳动者就经济补偿等事宜达成的协议。根据《劳动合同法》等相关法律法规，只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫、乘人之危等情形，该协议就是合法有效的。
双方真实意思表示：协议的签订应当是双方真实意思的表示，即双方在平等、自愿的基础上，就补偿事宜进行了充分协商，并达成了共识。如果协议是在一方受到欺诈、胁迫等不正当手段影响下签订的，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。
协议履行情况：协议签订后，双方应当按照协议约定履行各自的义务。如果一方未按照协议约定履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。
一次性补偿协议与劳动仲裁的关系
仲裁范围：劳动仲裁是解决劳动争议的一种方式，其范围包括因确认劳动关系发生的争议、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议等。因此，如果一次性补偿协议在履行过程中产生争议，如用人单位未按照协议约定支付补偿金等，劳动者有权向劳动仲裁机构申请仲裁。
仲裁申请条件：劳动者申请劳动仲裁时，需要满足一定的条件，如属于劳动争议的受理范围、在仲裁时效期间内提出申请、有明确的仲裁请求和事实理由等。对于一次性补偿协议的争议，只要符合这些条件，劳动者就可以申请仲裁。
仲裁结果效力：劳动仲裁机构作出的裁决具有法律效力，双方当事人应当履行。如果一方不履行裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。
实际操作建议
签订协议前咨询专业律师：在签订一次性补偿协议前，建议劳动者咨询专业律师，了解协议内容是否合法、合理，以及可能存在的法律风险。
保留相关证据：在签订和履行协议过程中，劳动者应当保留好相关证据，如协议文本、支付凭证等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
及时申请仲裁：如果因一次性补偿协议产生争议，劳动者应当及时向劳动仲裁机构申请仲裁，以免超过仲裁时效期间而丧失维权机会。
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