结论前置：土地承包经营权纠纷在乡政府未做出处理的情况下，法院立案受理是否违法，需根据具体情形判断。一般而言，若土地权属争议未经人民政府处理，法院通常不予受理；但若满足特定条件，如涉及民事侵权或对政府处理决定不服等，法院则会受理。
详细分析：
法院一般不予受理的情况：
- 前置程序要求：根据《土地管理法》及相关规定，土地所有权和使用权争议，应先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。这是处理土地权属争议的前置程序。因此，在乡政府（作为人民政府的一部分）尚在对土地权属进行处理的阶段，当事人直接向人民法院提起诉讼的，法院通常不会受理，因为这违反了前置程序的要求。
- 特定情形不属于受理范围：若土地承包经营权纠纷属于农村集体经济组织成员因未实际取得土地承包经营权而提起的民事诉讼，根据相关司法解释，人民法院应告知其向有关行政主管部门申请解决，这类纠纷不属于法院的直接受理范围。
法院可以受理的情况：
- 对政府处理决定不服：若当事人对乡政府或其他有关人民政府的处理决定不服，可以在接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起行政诉讼。在此类案件中，法院会审查政府处理决定的合法性，包括程序、事实认定、法律适用等方面。
- 涉及民事侵权等问题：在土地确权发证完成后，如果一方认为另一方侵犯了其依法取得的土地承包经营权等已明确的权利，如强行占用土地等，受侵害方可以向法院提起民事诉讼。法院会按照民事诉讼程序受理并审理此类案件，包括土地侵权纠纷、土地承包合同纠纷等。
- 满足起诉条件：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，起诉必须符合一定条件，包括原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实理由、属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。若土地承包经营权纠纷满足这些条件，且不存在前置程序障碍，法院通常会受理。
建议：
- 在面临土地承包经营权纠纷时，建议当事人首先尝试协商解决，以节约时间和成本。
- 协商不成时，应根据具体情况选择向乡政府或其他有关人民政府申请处理，或直接向人民法院提起诉讼。若选择诉讼途径，需确保满足起诉条件，并准备好相关证据材料。
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