公诉人当庭发表与起诉书不同意见时，法庭应根据具体情况进行区分处理，确保诉讼程序的合法性和公正性，同时充分保障被告人的合法权益和辩护权。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与处理原则
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第二百八十九条的规定，公诉人当庭发表与起诉书不同的意见，若涉及变更、追加、补充或撤回起诉，人民法院应要求人民检察院在指定时间内以书面方式提出，并可根据情况宣布休庭。这一规定确立了以下处理原则：
区分意见性质：
- 若公诉人发表的意见不涉及起诉书基本内容的变更，如对某些细节的进一步阐述或对证据的重新解读，法院可根据实际情况决定是否采纳。
- 若涉及起诉书基本内容的变更、追加、补充或撤回起诉，如改变指控的罪名、增加或减少指控的犯罪事实等，法院应要求检察院书面提出，以确保诉讼程序的严肃性和稳定性。
书面提出要求：
- 检察院需在法院指定的时间内以书面方式提出变更或补充内容，并加盖印章，以确保其正式性和权威性。
- 若检察院未按时提出，法院应依据起诉书指控的犯罪事实依法作出判决、裁定，避免诉讼程序的拖延。
保障被告人权益：
- 检察院变更、追加、补充起诉时，法院应给予被告人及其辩护人必要的准备时间，以便他们能够充分了解新指控的内容，并准备相应的辩护策略。
二、对于被告人及其辩护人的应对措施
认真倾听并记录：
- 被告人及其辩护人要仔细聆听公诉人新发表的意见，详细记录关键要点，为后续回应做准备。这有助于他们更好地理解公诉人的指控，并找出其中的漏洞或不合理之处。
请求合理准备时间：
- 若公诉人新意见对案件有重大影响，如改变了指控的罪名或增加了新的犯罪事实，被告人及其辩护人有权向法庭申请给予一定时间进行准备。法庭应酌情决定是否给予准备时间，以确保被告人能够充分行使辩护权。
针对性答辩：
- 在充分准备后，被告人及其辩护人应围绕公诉人新意见进行针对性答辩。他们可以从犯罪构成要件、证据证明力等方面分析新观点的不合理之处，并提出相应的反驳证据或理由。
三、法庭的应对措施
要求公诉人说明理由：
- 法庭应要求公诉人对当庭发表的不同意见作出合理说明，以判断其改变意见的合理性和合法性。这有助于法庭更好地理解公诉人的指控意图，并作出公正的裁决。
审查意见改变的合法性与合理性：
- 法庭需从法律规定、证据规则等方面审查公诉人新意见的合法性，并从案件整体情况出发审查其合理性。若公诉人新意见缺乏法律依据或证据支持，法庭应不予采纳。
维持法庭秩序与保障诉讼权利：
- 法庭要确保庭审按照法定程序进行，使各方都能充分表达观点。若公诉人新意见涉及需要补充侦查等情况，法庭可决定是否延期审理，以确保诉讼程序的顺利进行。
根据审理情况作出裁判：
- 法庭在综合考虑公诉人新意见、被告人及其辩护人的答辩以及全案证据后，应依法作出公正的裁判。裁判应基于事实和法律，确保被告人的合法权益得到充分保障。
四、注意事项
- “公诉人当庭发表与起诉书不同的意见”是指在起诉后未出现新的事实证据情况下的情形。对于新的事实证据，法院可直接根据新证据作出认定，无需遵循上述处理原则。
- 在处理此类情况时，法院应平衡权利保护与庭审效率的关系。既要确保被告人的合法权益得到充分保障，又要避免诉讼程序的过度拖延和浪费司法资源。
综上所述，公诉人当庭发表与起诉书不同的意见时，法庭、被告人及其辩护人都应遵循相应的法律原则和处理程序。若你遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。