关于公司惩罚制度是否可以包含罚款的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、法律依据与限制
罚款的性质：罚款属于行政处罚的一种，根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，只能由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施。因此，公司作为非行政机关，不具备直接对员工进行罚款的法律权力。
劳动法律法规：我国《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规主要侧重于保护劳动者的合法权益，并未赋予企业对员工进行罚款的权力。因此，公司规章制度中直接规定的罚款条款很可能被认定为无效。
二、特殊情况下的经济赔偿
虽然公司不能直接对员工进行罚款，但在特定情况下，如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位有权按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。这种赔偿可以从员工工资中扣除，但必须符合以下条件：
赔偿限额：每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
合法性：赔偿需基于劳动合同中的相关约定，并确保不违反法律法规的强制性规定。
三、合法有效的规章制度
为了规范员工行为，公司可以制定合法有效的规章制度。这些规章制度应满足以下条件：
内容合法性：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如设定过高的罚款或不合理的惩罚措施均属无效。
程序民主性：在制定、修改或决定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
公示告知义务：公司应将规章制度公示或通过培训、发放员工手册等方式确保员工知晓相关规定。
四、违规制度的法律后果
如果公司制定了不符合法律规定的罚款制度或其他违规规章制度，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。这可能导致公司面临法律纠纷和赔偿责任。
五、建议与替代措施
激励机制：企业可以通过设定绩效奖金考核制度等激励机制来代替单纯的罚款措施，以激发员工的工作积极性和创造力。
处分措施：对于员工的违规行为，企业可以采取警告、记过、降职等处分措施来纠正和管理，但这些措施也需符合法律法规的规定和企业的实际情况。
综上所述，公司不可以直接制定罚款制度对员工进行罚款，但可以通过合法有效的规章制度来规范员工行为，并在特定情况下要求员工赔偿因其过错导致的经济损失。同时，公司应确保规章制度的合法性和民主性，以维护员工的合法权益和公司的正常运营秩序。