公司不可以在规章制度中设定罚款。对此分析如下：

一. 公司罚款的合法性分析

1. 罚款权的归属：根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，罚款是行政处罚的一种，只能由法律、法规或者规章设定的行政机关实施，公司并不具备行政处罚权，因此无权在规章制度中设定罚款。
2. 公司规章制度的性质：公司规章制度是公司内部的管理文件，用于规范员工的行为和公司的运营，但它不能违反法律法规的强制性规定。设定罚款显然超出了公司规章制度的合法权限范围。

二. 公司规章制度中罚款的替代方式

1. 经济赔偿：如果员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以要求员工承担经济赔偿责任，但这并非罚款，而是基于民事法律关系的赔偿。
2. 纪律处分：公司可以通过规章制度设定其他形式的纪律处分，如警告、记过、降职、辞退等，来规范员工的行为。

三. 实际操作建议

1. 审查规章制度：公司应定期审查其规章制度，确保其中不包含违法的罚款条款。
2. 合法合规管理：公司应通过合法合规的方式管理员工，尊重员工的合法权益，避免采取违法手段。

我建议：公司应避免在规章制度中设定罚款，而是选择合法且有效的管理手段来规范员工行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。